（1）培育轉基因奶牛時，根據基因的選擇性表達原理，需要在生長激素編碼序列前插入乳腺蛋白基因的啟動子，使生長激素編碼序列只在乳腺組織細胞中表達．

（2）因為基因中啟動子的鹼基序列不能被轉錄，所以由基因表達產物無法推知啟動子鹼基序列．

（3）含有目的基因的外源DNA分子上含有限制酶BamHⅠ、HindⅢ、MboⅠ、HindⅢ的識別序列和切割位點，但是用限制酶HindⅢ、MboⅠ和HindⅢ切割都會破壞目的基因，所以過程①應選擇限制酶BamHⅠ．而限制酶BamHⅠ和MboⅠ的識別序列相同，所以過程③中要將基因表達載體中的目的基因切開，應選擇位於目的基因上的另一個限制酶HindⅢ．過程④表示採用PCR技術體外擴增目的基因的過程，該過程在高溫條件下進行，因此需要使用耐高溫的DNA聚合酶（Taq酶）．

（4）過程④中可以根據基因編碼序列兩端的部分鹼基序列設計引物進行擴增．擴增過程中，在第三輪迴圈產物中開始出現兩條脫氧核苷酸鏈等長的DNA片段．

（5）因為基因中相鄰的3個鹼基決定一個密碼子，所以過程⑤中將克隆的啟動子與外源基因編碼序列連線時，原引物a所在的P片段的鹼基對數目應是3的整數倍，目的是保證外源基因編碼序列編碼正確的氨基酸序列．

故答案為：

（1）乳腺蛋白基因

（2）基因中啟動子的鹼基序列不能被轉錄

（3）BamHⅠHindⅢ耐高溫的DNA聚合酶（Taq酶）

（4）引物　三

（5）保證外源基因編碼序列編碼正確的氨基酸序列