為什麼沒有按照規律遺傳，是一個表象，本質遺傳規律還是在起作用的。差異在基因的表達，來自父本和母本的等位基因，其表達是隨機的，即在同樣的環境下，是擲塞子方式表達，在特定環境下可能出現指定表達。即橘生淮南則為橘，生於淮北則為枳的道理。基因資訊還是遺傳下來了，表達差異而已。

孟德爾定律的分離律和自由組合律兩大定律奠定了現代遺傳學的基礎，遺傳規律有三大定律，除了分離律和自由組合律外，第三定律就是摩爾根的連鎖與互換定律，所以只能解釋一部分的大部分遺傳規律問題。

1 單基因病遺傳中常染色體顯性遺傳和常染色體隱性遺傳病，這些病都符合分離律和自由組合律，如血型遺傳符合自由組合律，也有一些遺傳病是遲發性不明顯，如遺傳性舞蹈症，40-50歲才發病。

2 單基因遺傳中性染色體X或Y遺傳病，符合摩爾根的連鎖與互換定律，如X連鎖隱性遺傳病像血友病，交叉遺傳，女性為攜帶者，♂男發病。

3 多基因遺傳就不符合分離律和自由組合律了，它受遺傳因素和環境因素作用，它用遺傳度來表示，就是遺傳因素所能佔的百分率，如果遺傳度在70-80%，說明遺傳物質在決定易感性起主導作用，而環境因素的作用較小，如人類的身高決定計算及臨床醫學精神分裂症遺傳度的計算。

4 其他如線粒體病和染色體病，這些也不符合分離律和自由組合律的，例如唐氏綜合徵，多了一條21號染色體，這也是很複雜的染色體數目異常或異位造成的，也不符合分離律和自由組合律。

總結出來遺傳變異是很複雜的，不是一兩個定律全部都是解決問題的，這絕不能抹殺了為人類遺傳學做出巨大貢獻的科學家的豐功偉績，孟德爾定律在遺傳學的地位牢不可破的，這是由於他發展了真理，真理是永恆的，當然也需要不斷地完善！