一般來說Linux程式不能再Windows下執行，windows程式也不能再Linux下執行。

至於原因，有兩種：

首先，Linux執行需要藉助一個外掛(名稱記不清了，好像叫wine之類的)，類似虛擬機器，直白的就是在一個程式裡跑另一個程式當然慢了，同理，Windows下執行Linux需要使用VMware或VirtualBox等執行虛擬機器，相當於Windows系統跑了一個Linux，然後才是程式，也會拖慢電腦。

第二，我想這個才是樓主要到答案。Windows系統是純圖形系統，圖形介面死了系統基本也就死了，而Linux核心與圖形介面分開，圖形介面只是Linux一個程式，Linux圖形介面宕機一般退回文字介面，重啟圖形介面kde之類的就可以了。說到這就可以說明兩者為什麼執行程式速度不同了，原因主要在於Windows安裝程式是將檔案壓縮打包後生成可執行檔案，安裝時幾乎就是一個解壓複製的過程，不會或很少針對核心進行最佳化，因此效率較低，但是安裝速度以及使用者體驗上較好。Linux則正好相反，Linux安裝有兩種方式，一種採用安裝包安裝，類似於windows的exe，但與Windows最大不同就是Linux依賴性，這個用過Linux都知道，用很多時候由於程式版本不相容或衝突根本就無法安裝，導致使用者體驗極差，但換來的確實程式效率的大幅度提升。Linux還有一種更加高效的安裝，原始碼編譯，在Linux安裝過MPlayer的一般都試過，MPlayer以及解碼器最好用原始碼編譯，這種安裝方法程式執行最流暢。Linux下無論哪種安裝方式，都會針對計算機硬體以及已有軟體進行最佳化，因而效率高。

程式在兩種系統上執行 速度不一樣 可能是程式呼叫各自系統的 系統呼叫效能不一樣引起的.比如 Linux下寫一次檔案 要呼叫一次核心函式 這涉及到使用者態陷入到核心態 寫完後 再從核心態返回到使用者態，進去出來一共兩步.我對windows不熟，若是它需要的大於兩步 ，那麼僅僅針對寫一次檔案 ，Linux就看起來比windows高效了 。以上個人理解，不針對實際情況