由於仔豬的球蟲病常常發生在7日齡左右，故此在發病前2~3天預先對全窩仔豬投藥是可能的。由於小豬仍要吃奶，每頭仔豬應口服治療5天，這是一個辛苦的工作。透過在仔豬飲水中加入抗球蟲藥或與鐵製劑合併使用，可能對治療豬球蟲病是有效的，然而，卻不能保證每頭豬都能得到足夠的劑量。

可試用百球清(5%混懸液)治療豬球蟲病，劑量為20~30mg/kg，口服，可使仔豬腹瀉減輕，糞便中卵囊減少，可使發病率自71%降為22%。它既能殺死有性階段的蟲體，也能殺死無性階段的蟲體。據作者試用，百球清對仔豬等孢球蟲病確實具有良好的治療作用。

預防最佳的預防辦法是搞好環境衛生:搞好產房的清潔，產仔前母豬的糞便必須清除，產房應用漂白粉(濃度至少為50%)或氨水消毒數小時以上或燻蒸。消毒時豬圈應是空的。為防止工作人員吸人漂白粉或氨的蒸汽，應進行充分的通風或讓工作人員戴上防毒口罩。應限制飼養人員進入產房，以防止由鞋或衣服帶入卵囊;也應嚴防寵物進入產房，因其爪子可攜帶卵囊而導致卵囊在產房中散佈。大力滅鼠，以防鼠類機械性傳播卵囊。在每次分娩後應對豬圈再次消毒，以防新生仔豬感染球蟲病。

豬球蟲病是由艾美耳屬和等孢屬球蟲引起的，主要危害小豬。近年來，小豬球蟲病呈上升趨勢，給廣大養豬戶造成較大的經濟損失。國內抗球蟲藥物絕大多數是針對禽類，明確用於豬的不多。

透過多次實踐檢驗，治療小豬球蟲病首選5%百球清口服液(拜耳生產)它對仔豬球蟲療效顯著，一般給藥1天后，仔豬食慾和精神基本恢復正常。百球清是治療小豬球蟲病的最佳藥物。

其次磺胺類藥物，地克珠利藥物等也有一定療效，但效果不佳。