元朝時期的黑水城，不僅是一座人口眾多，經濟發達的繁榮城市，而且還是當時“北走嶺北、西抵新疆、南通河西、東往銀川”的交通要衝和元朝西部地區的軍事、政治、文化中心。
元朝時期，在原有城池的基礎上，對城市進行了擴建改造。擴建後的黑水城，東西寬450米，南北長380米，是原來城市面積的3倍。擴建後的城市，不僅增加了城區面積，而且加強了城市的防禦能力。當時的黑水城，城牆高達10米，城內有登城馬道7條，設有寬約6米的東、西城門兩座，並在城門外加築了甕城。在四面城牆的外側還修築了馬面、角臺等禦敵建築。
在當時的城區內，分佈有街市、官署，驛站、學府、寺院等區域和百姓、官員、兵卒的住宅區；有直通城門的東、西大街和南北街巷組成的整齊街道。街道兩側，佈滿了各種店鋪，有飯館、酒店、客棧、錢莊、雜貨店、衣帛行、馬具作坊等。並有馬市、柴市及交換農牧產品的互市場所。不僅城內十分繁榮，而且在城外也有百姓集中的居民區和繁華熱鬧的街市。當時，居住在黑水城一帶的固定人口約有七八千人之多。
明朝建立後，1372年明朝大將馮勝在黑水城和元軍發生了一場血戰，黑水 城久攻不下，守城將軍哈日 巴特爾 ，人稱黑將軍，勇猛異常，誓死不降，後來明軍在城外河道上築起大壩，斷了 黑水 城中的水源，黑將軍令軍士在城 西北 角掘井，可是每每眼見出水，不一會兒又見底了，就這樣挖到80丈深時，依然是乾涸的，萬般無奈之下，黑將軍只得組織突圍。突圍前，他將所有金銀珠寶全部埋藏在城內那口枯井裡，又命令在 西北 城牆上鑿出一個洞，率倖存的人馬從洞中衝出，以破釜沉舟之勢突圍北上。由於眾寡懸殊，黑將軍和他手下的將士經過三天三夜的浴血奮戰，全軍覆沒。傳說離城28公里那片枯死的怪樹林裡，那些盤虯臥龍的胡楊就是黑將軍和他的將士們不屈的靈魂和不朽的身軀所化，黑將軍的寶藏也無人能尋，成為一個千古之謎。明朝在攻克 黑水 城之後不久，便將其放棄了，地處荒漠戈壁的額濟納對明朝來說，已失卻了舉足輕重的地位， 黑水 城逐漸淪為一座死城。
元朝時期的黑水城，不僅是一座人口眾多，經濟發達的繁榮城市，而且還是當時“北走嶺北、西抵新疆、南通河西、東往銀川”的交通要衝和元朝西部地區的軍事、政治、文化中心。
元朝時期，在原有城池的基礎上，對城市進行了擴建改造。擴建後的黑水城，東西寬450米，南北長380米，是原來城市面積的3倍。擴建後的城市，不僅增加了城區面積，而且加強了城市的防禦能力。當時的黑水城，城牆高達10米，城內有登城馬道7條，設有寬約6米的東、西城門兩座，並在城門外加築了甕城。在四面城牆的外側還修築了馬面、角臺等禦敵建築。
在當時的城區內，分佈有街市、官署，驛站、學府、寺院等區域和百姓、官員、兵卒的住宅區；有直通城門的東、西大街和南北街巷組成的整齊街道。街道兩側，佈滿了各種店鋪，有飯館、酒店、客棧、錢莊、雜貨店、衣帛行、馬具作坊等。並有馬市、柴市及交換農牧產品的互市場所。不僅城內十分繁榮，而且在城外也有百姓集中的居民區和繁華熱鬧的街市。當時，居住在黑水城一帶的固定人口約有七八千人之多。
明朝建立後，1372年明朝大將馮勝在黑水城和元軍發生了一場血戰，黑水 城久攻不下，守城將軍哈日 巴特爾 ，人稱黑將軍，勇猛異常，誓死不降，後來明軍在城外河道上築起大壩，斷了 黑水 城中的水源，黑將軍令軍士在城 西北 角掘井，可是每每眼見出水，不一會兒又見底了，就這樣挖到80丈深時，依然是乾涸的，萬般無奈之下，黑將軍只得組織突圍。突圍前，他將所有金銀珠寶全部埋藏在城內那口枯井裡，又命令在 西北 城牆上鑿出一個洞，率倖存的人馬從洞中衝出，以破釜沉舟之勢突圍北上。由於眾寡懸殊，黑將軍和他手下的將士經過三天三夜的浴血奮戰，全軍覆沒。傳說離城28公里那片枯死的怪樹林裡，那些盤虯臥龍的胡楊就是黑將軍和他的將士們不屈的靈魂和不朽的身軀所化，黑將軍的寶藏也無人能尋，成為一個千古之謎。明朝在攻克 黑水 城之後不久，便將其放棄了，地處荒漠戈壁的額濟納對明朝來說，已失卻了舉足輕重的地位， 黑水 城逐漸淪為一座死城。