光緒皇帝的死因有多種說法：

第一種：慈禧知道自已即將歸西天，不願意在她死後，光緒皇帝重新掌權，派人毒死了光緒帝。

主要依據有清末給光緒看病的名醫屈桂庭他的回憶錄中說：“光緒在臨死前三天，在床上不停地翻滾，並且不停地大叫，‘肚子疼得不得了。’臉色發暗，舌頭又黃又黑，明顯是中毒症狀。”

根據這種說法，光緒是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太后，因為她是當時最有權勢、又嚴密控制光緒帝的、最好下毒、最可能下毒的人。

第二種：袁世凱見慈禧一病難起，怕慈禧死後，光緒掌握實權，報復自已在戊戌變法出賣皇帝的行為，於是賄賂宮廷宦官，用劇毒藥物害死光緒帝。

這種說法最有權威的依據是清朝最後一個皇帝溥儀的說法，溥儀說：“我親耳聽到一個侍候光緒帝的老太監講：’光緒帝死前一天，只是用了一劑藥，才變壞的。後來才知道這劑藥是袁世凱送的。

第三種：太監李蓮英得悉光緒帝的日記中載有西太后死後將誅袁世凱和他的訊息，與慈禧一起陰謀將毒藥投入光緒帝的食物中致使光緒帝中毒身亡。

第四種：這幾年來有專家根據光緒帝生前的病歷，結合當時的歷史背景和現代中醫學理論，推斷是光緒帝因為嚴重肺結核病加上其它併發症，導致死亡的。

第五種：光緒帝有嚴重的腎虧，加上光緒帝從小身體虛弱，從幾歲起就受慈禧的壓制，長期處在緊張之中，後來又在做皇帝時更是經歷一連串的挫折和打擊，病情逐漸加重，引起一系列呼吸道、消化道、等併發病症，最後病亡。這一說法主要依據是光緒生前的病歷和光緒生前自已的一段回憶。

擴充套件資料：清宮醫案的確告訴人們，光緒是病死的。但是，從光緒死的那天開始，人們就懷疑他不是正常死亡，這也是事出有因的。

光緒雖與慈禧以“母子”相稱，實際上他並不是慈禧親生。光緒皇帝，姓愛新覺羅，名載湉，是同治皇帝的堂弟，咸豐皇帝的侄子。同治十年六月二十八日(1871年8月14日)，出生在宣武門太平湖畔的醇郡王府的柳蔭齋，其父醇親王奕譞是道光皇帝的第七子，咸豐皇帝的弟弟。其母葉赫那拉氏，是慈禧太后的妹妹。光緒既是慈禧的侄子，又是慈禧的外甥。

從這些關係講，他既是慈禧的侄子，又是慈禧的外甥。同治十三年十二月初五日(1875年1月12日)，同治皇帝患天花病死。同治帝死時年僅十九歲，身後無子，按“兄終弟及”做法，可由其弟即位。但同治帝為獨生子，則應從其最親近的親屬中選一子弟繼承帝位。大臣們提出的最佳方案，是由他的大伯父即道光長子奕緯之孫溥倫作為他的嗣子，由其即位。光緒二十六年七月二十一日(1900年8月15日)，八國聯軍入侵北京。

慈禧倉惶出逃。相傳臨行前還不忘處置珍妃，令太監崔玉貴把珍妃推到寧壽宮外的井中害死。當光緒得知珍妃的死訊後，精神徹底崩潰，舊病復發，日趨沉重，再也無法康復。

從光緒自幼多病，到青年以後的病情逐步加重，都與他的政治處境和精神生活密切相關。可見慈禧的長期壓制和打擊，是光緒致病的重要原因，從這一點談來，民間傳說是慈禧置光緒於死地，則又並非全無道理。

尤其是在戊戌政變以後被囚禁的十年漫長歲月中，他一方面悲觀失望，前途渺茫，一方面又日夕擔心受怕，心情緊張，生活上更無人細心照料，使得他的病情不斷加重惡化，終至不治。不過，無論光緒究竟死於何因，都與他在清廷遭受的控制與打擊，在精神與意志上受到的壓制與摧殘，在身心上經受的折磨，甚至其骨肉親情也被拆散有著直接的聯絡。真可謂，光緒一生沒有過上一天舒心的日子。

其實，這也就是他多病纏身的根源。

因此可以認為，年輕的光緒之死，與慈禧控制下的清王朝黑暗腐敗密切相關。如果說光緒入宮為帝，是出於一種政治需要，那麼他的死去，也未必不是清廷政治腐敗的必然。

1908年11月14日，光緒帝駕崩於瀛臺，比慈禧早一日駕崩，得年37歲。

清代官方文獻和宮廷檔案記載光緒帝為病死。但光緒帝在慈禧死前一日晏駕，時間過於巧合，外界對其死因歷來有諸多揣測。許多野史、宮廷回憶錄包括溥儀均指出光緒帝是被人下毒所害，但對凶手的推測各不相同。中華民國成立之後，據光緒帝的御醫透露，皇帝生前的確身體並不健康，主因是長時間不見天日、身體欠運動、心情不佳導致飲食不正常，卻也無病重之跡象。1980年，整理崇陵光緒帝遺骨時“未發現外傷及中毒跡象”，結合官方檔案上的說法，自然病死一說在當時一度成為學術界主流觀點。直到2008年對清西陵光緒遺體的頭髮、遺骨、衣服及墓內外環境樣品進行檢測分析後，證實光緒帝是砒霜中毒死亡[1]。

光緒辭世時尚沒有陵墓，一直到1913年（民國二年）才葬入中國最後一座帝陵——河北易縣清西陵中的崇陵。1938年曾被盜。