其實就算是人類與人類之間的關係都不是完全的平等，所以寶可夢與人類之間的關係自然是不可能平等的，在《精靈寶可夢》的世界裡，從遠古時期開始人類就已經開始了對寶可夢的“奴役”，遠古時期的寶可夢被稱為魔獸，而當時的人類使用魔獸裝具來控制它們，到了近代之後“精靈球”被大量生產，人類逐漸改為以精靈球收服寶可夢的方式來“培育”寶可夢。

雖然人類與寶可夢之間的關係一直比較和平，但是這種現狀也幾乎是建立在寶可夢對人類“服從”的基礎之上，所以寶可夢與人類的關係是存在奴役性的。

那麼，寶可夢之中是否有反抗或者起義的存在呢？

其實在動畫中，的確出現過不願服從於人類的寶可夢，在《精靈寶可夢XY》的第十九話中出現過控制了君莎小姐的“烏賊王”，可見並非所有的寶可夢都願意屈居於人類之下，這也是寶可夢與人類關係不平等所導致。

至於題主的另一個疑問“是否有由寶可夢構成的文明”，如果真的有這種“文明”那麼寶可夢也不必一而再的被人類馴化了。

「文明」是使人類脫離野蠻狀態的“社會行為和自然行為”的集合，其中包括了家族觀念、工具、語言、文字、信仰、宗教觀念、法律、和國家等等，在現實世界中，撇開未經證實的“外星文明”目前為止能夠構建文明的在我們的認知範圍內只有人類，而在《精靈寶可夢》裡，寶可夢並不足以構建屬於自己的文明。

無論寶可夢的智慧有多高，只要尚未建立自己的文明，它們與人類之間的關係是無法達到平衡的，人類的各種文明與科技隨著一代又一代的傳承會更加進步，現在已經達到足以控制“神獸”的科技水平，所以人類對於寶可夢的“奴役”會一直延續。