首先是流通性比較差，商業承兌匯票是屬於企業信用，並非銀行信用，由於中國缺乏一個權威的針對商票業務的企業信用評級機構，普通人無法判斷開票企業的信用等級，如果開票人企業知名度和信譽度不高，供應商就不敢輕易接受企業的商票。加上電子票據未能普及，紙質票據存在假票、克隆票、背書瑕疵等問題，非專業人士很難判斷票據真偽，嚴重影響到票據的正常流通。

其次是變現比較困難，目前絕大部分的商票是在銀行辦理貼現，但銀行辦理商票貼現需要佔用開票人或者持票人的授信額度。持票人往往是中小企業，申請授信額度時很難根據銀行要求提供抵押物或其他強擔保措施;開票人雖然是大型企業，但也不願意讓持票人佔用自己有限的銀行授信額度，否則就直接開銀行承兌匯票了，而且授信銀行有業務區域限制，透過銀行進行貼現的商票規模非常有限。

利率方面，銀行辦理貼現一般是在基準利率的基礎上進行浮動，總體來看貼現利率不高，但普通企業無法像銀行一樣對開票人進行詳細調查，或者獲得開票人的其他增信措施，所以銀行貼現利率不能反映商票在市場上真正的變現成本，非銀行機構對商票業務缺乏有效的定價標準。

三是商業承兌匯票目前並沒有進入銀行監管範圍，沒有在企業徵信記錄進行登記，開票企業容易虛構貿易背景過度開票，變相增加企業負債，貼現機構無法進行總額監管。