孔融反對朝廷厚葬馬日磾我認為有2點。1.馬日磾作為朝廷的使節，卻毫無保留的將符節輕易的交給袁術（在古代，符節對於使節來說是要比自己性命更加重要的東西，是朝廷的象徵），而後袁術也藉著符節來要挾馬日磾為朝廷上書，做自己屬臣，導致馬日磾嘔血而亡。2.兩個士族之間的仇恨，孔融作為孔子的後代，在那時卻被當代的主流儒家思想排擠在外，世人只知鄭玄盧植而不知孔融。

首先我們要分析一下事件的經過：大家知道，在李傕郭汜掌控朝政以後，任命馬日磾為太傅，錄尚書事。李傕為了安撫關東諸侯就派遣馬日磾與太僕趙岐一起持節循使關東，並且正式拜受關東主要諸侯的官職。馬日磾是正使，趙岐是副使。後來他們分開了，趙岐出使的是袁紹公孫瓚等諸侯，而馬日磾出使的是袁術劉表孫策的人。他一到淮南就被袁術給扣留了，並且把他的符節給搶奪了，這對馬日磾來說真是晴天霹靂，生死事小，失節事大。而袁術更是脅迫馬日磾給自己以及他的部下封官加爵，估計袁術也是在這個時候覺得給下面的人封官加爵的感覺很過癮，也導致了他後來一直想當皇帝。馬日磾對袁術的做法非常的憤怒，並且嘲諷袁術家的四世三公都是用這種手段來加封的嗎？這就激怒了袁術，於是他將馬日磾扣留在壽春。馬日磾既以失去符節，又受盡屈辱，最後憂鬱患病而死。這是起因。

再說馬日磾和孔融的身世，馬日磾是東漢著名通儒經學家馬融的族孫，而孔融是孔老夫子的二十世孫，但是在當時公認的儒家經學傳人卻都是馬融一脈，鄭玄盧植等都是馬融的學生，這些應該會讓孔氏家族的傳人心中稍有不爽。尤其是在漢靈帝熹平四年，即公元175年，由蔡邕所倡議發起的，盧植馬日磾等人參與修訂儒學經典的事件，也就是後來的《熹平石經》。

最後說說孔融給出馬日磾的罪行或者過失，其中“曲媚奸臣”的指責絕對是嚴重了的，馬日磾如果真的曲媚奸臣袁術也就不會“嘔血而斃”“ 憂恚而死”了，至於“為所牽率，章表署用，輒使首名”這樣的事，在當時被袁術類似於軟禁的馬日磾，連符節都被人家搶走，還哪裡能夠自己做主呢！都應該是被脅迫所致。而“附下罔上，奸以事君”這件事就更加的莫須有了。

綜上所述，孔融在這件事上有很大成份是出於私心而非大義。