化學上的貢獻

　　1. 採用大量實驗方法研究化學作用，甚至自制儀器裝置。自己帶個助手作實驗。興起化學實驗之風。

　　2.提出了很多的元素和化合物的化學符號，為John Dalton後來的工作的先導。

　　3.用物理的粒子組成學說和引力與斥力的觀點研究物質組成：提出同種最小粒子--原子靠引力而結成不同層次較粒子和顆粒的學說，多達七層次以上，直到可見物體。

　　4.用引力大小說明物質的化合和分解、溶解和融解。材料的比重差異在於粒子精細程度的不同結合。並容易說明物質三態的變化和元素間的嬗變。

　　5.從粒子和力的觀點提出無機物與生物之間的物質轉化，以及精神的來源；他用電精（以太微粒子）的傳遞觀點分析和說明感覺-神經-大腦-神經-肌肉-動作反應的傳遞機制，與今天的神經傳遞的鈉、鉀離子傳遞理論十分符合。他排除了心靈論、神創論和神經與肉體二元論，追求唯物的和科學的解決。

　　6.進行定量分析和置換關係的實驗和測量：他在1692年已經認識到酸、鹼、土之間存在既定數量的化合關係。

　　7.牛頓是繼波義耳之後，在從鍊金屬向化學轉化的過程中起了重大作用的人物，他逐步透過實驗和用科學的粒子和力的觀點，將對化合與分解的理解納入科學的軌道。他的工作為擺脫神創論和鍊金術中的迷信色彩起了關鍵的作用。