（1）施微肥不要過量。噴灑微肥溶液或撒施微肥顆粒，一定要均勻，並避免重複施用；濃度要不高出規定濃度，如確需要高濃度時，以不超過規定濃度的20%為限。（2）增施有機肥料。增施有機肥料對施用微肥的好處有：一是增加土壤的有機酸，使微量元素呈可利用狀態；二是在微肥過量時，能減少微肥的毒性：三是有機肥本身就有數量多、種類全的微量元素。（3）配施大量元素肥料。微肥必須在氮、磷、鉀等大量元素滿足的條件下，才會表現出明顯的促熟增產作用；如微量元素充足，而大量元素將成為促熟增產的因素。（4）因地制宜。施用微肥要有針對性，須因地因作物施用。對多年生植物（果樹等）和多年連作的地塊（保護地蔬菜等），要注意缺素的表現。（5）防止對土壤汙染。連年施用微量元素可能積累過多，難於從土壤中去掉，以致毀壞良田，應特別注意。

微量元素肥料的施用方法很多，有土壤施肥、種子處理和根外追肥等。

　　土壤施肥。即做基肥、種肥或追肥時把微量元素肥料施入土壤。這種施法雖然肥料的利用率較低，但有一定的後效。含微量元素的工業廢棄物和緩效性微肥常採用這種施肥方法。

　　種子處理。包括浸種和拌種兩種方法。浸種時將種子浸入微量元素溶液中，種子吸收溶液而膨脹，肥料隨水進入。常用的濃度是0.01％～0.1％，時間是12～24小時。拌種是用少量水將微量元素肥料溶解，將溶液噴灑於種子上，攪拌均勻，使種子外面沾上溶液後陰乾播種，一般每千克種子用2～6克肥料。

　　根外追肥。即將微量元素肥料溶液用噴霧器噴施到植株上，透過葉面或氣孔吸收而運轉到植株體內。常用的溶液濃度是0.01％～0.1％。

　　蘸秧根。這是水稻的特殊施肥法，其它需要移栽的農作物也可以採用蘸秧根的方法施肥。