水上飛機相對於常規起降飛機糟糕的飛行效能決定了其顯然不可能對常規起降飛機構成替代，畢竟水上飛機還要設計成船型，不利於進行空戰。在使用同等功率發動機的條件下，水上飛機由於其需要水面起降的滑撬或浮箱結構本身是死重，而且水面起降還要加強機體結構，如果放在噴氣機的概念來說就是影響推重比（螺旋槳飛機可以類比這一概念）。

同時降低了飛機的有效載荷（彈藥或油料），而且也影響氣動佈局，造成較大的阻力，為了水面起降這一點就需要犧牲太多的效能，無論是航程還是載荷乃至機動性和航速升限，水上飛機都無法和常規起降飛機相比，如果用於空戰或攻擊顯然會陷入一邊倒的屠殺（即使是艦載機在面對同規格岸基飛機也是吃虧的，也有為加強結構付出的重量代價），而且由於水上起降，飛機的放飛和回收取決於水機母艦起吊的效率，顯然和航空母艦全甲板放飛的效率差遠了，特別是螺旋槳時代。另外常規條件下的大型補給艦航速並不足以編入機動部隊，相比於近乎直接從巡洋艦發展而來的航空母艦在航速上也慢了不少。

水上飛機因為效能上的限制如果直接用於一線作戰顯然是不合格的，在實戰中其位置更多用於校射、偵查、巡邏、通訊，特別是偵查巡邏，以PBY為代表的大型水上飛機以其強大的航程發揮了巨大的作用，這是水上飛機的舞臺。

眾所周知，在航母和艦載機技術並不成熟的時候，各國都是使用水上飛機母艦來代替航母執行偵查和攻擊任務的。即使是民國海軍，也有自己的水上飛機母艦用來操作水上固定翼戰機。到了第二次世界大戰時，水上飛機和母艦的搭配達到了巔峰。僅僅是美國一家，就建造了40多艘水上飛機母艦，連美國的第一艘航母“蘭利”號，也因為需求的問題被降級為水上飛機母艦。可以看出，技術難度和成本較低的水上飛機母艦在一定的情況下可以和航母互相補足，那麼在今天，為何沒有國家發展水上飛機母艦呢？

首先，在二戰時，水上飛機母艦的職能是用來作為偵查力量來幫助艦隊開拓視線和為戰列艦的超視距炮擊提供落點支援。而目前，可以透過補給艦這樣的大型平臺起飛的水上飛機一般的作戰半徑都不會超過300公里。這意味著，即使是很多裝備二波段雷達的老式護衛艦，偵測距離也要遠遠大於水上飛機。而且在二戰時，水上飛機和艦載機的效能雖然有差距，但也並不是無法接受。 但是在70年後的今天，以螺旋槳為驅動方式的水上飛機和噴氣式戰機的效能差距幾乎是幾十倍以上。即使是美國專門開發用來水上起降的F-7海標槍噴氣戰鬥機，其效能和二代機比起來也還是有很大差距。所以，偵查能力不足，且對海基航空戰力提升有限的水上飛機母艦和水上飛機沒人發展也就並不奇怪了。此外，兩棲攻擊艦的出現也使得各國了很好的選擇，水上飛機的沒落已經是必然之勢。