菊花是從奈良時代就已經傳入日本，當時日本受中國文化影響很深，和中國一樣，梅蘭竹菊是君子的象徵，日本許多早期文學作品諸如《萬葉集》《古今和歌集》《源氏物語》都有提及。當然相比於菊，讚頌梅花的和歌數量更多。

而櫻花興起較晚，《萬葉集》中雖有記載但相比於梅花的118首而言，提到櫻花的只有44首，直到江戶時期，日本整頓河流，在兩岸種植大量櫻花和柳樹，伴隨這一時期的到來，日本著名學者本居宣長用櫻花象徵日本人的精神，櫻花漸漸開始與日本人聯絡起來。之後基於櫻花紮根於日本精神這一特徵已經深入人心大正後期，日本的櫻花也漸漸變成了國花。

至於日本皇室，根據《大要抄》的記載，當時裝飾車的御用紋飾是牡丹，但《井蛙抄》中記錄了鎌倉時期82代天皇，後鳥羽天皇使用自己喜愛的菊花做紋飾的事情。

過去日本宮廷社會中很看重作為皇室象徵的三樣神器——鏡，玉，劍。但在檀浦之戰中，皇室遺失了其中的寶劍（天從雲劍），使得後鳥羽天皇繼位之時神器不全，有一種自卑感。

後鳥羽天皇為了平息謠言，鞏固王權，決定重新鑄劍。當時後鳥羽天皇喜愛菊花，經常用其代表一種私印裝飾使用，於是請當時鑄劍名家則宗為己鍛劍的時候把菊花作為紋章鑲嵌其中。

之後的後深草天皇，後宇多天皇把這種私印繼承下來，漸漸成為慣例。十六八重表菊也作為皇室紋章固定下來。

現在提起日本，更多人把貼切廣大人民，代表日本人精神的櫻花作為日本的象徵，但是菊花也依然是日本的國花，只不過更多時候是強調它作為王室象徵的一個特點。