三體艦隊最終離開了太陽系。

三體艦隊出發後不停的加速運動，最後還達到了光速。不過最終三體艦隊並沒有回去，他們停留在了瀕臨太陽系的一篇雲海中，那片雲海是被稱作奧爾特星雲，三部艦隊始終埋伏在那裡。

在第三部裡面艦隊在用水毀滅黑暗森林座標控制器結束後，三部艦隊聯合對地球進行了毀滅侵略文明行動，但是在他們行動的半路上，三部艦隊遭到萬有引力號的廣播，然後又遭到黑暗森林毀滅性的打擊最終失敗而逃。

三部艦隊成為三體文明的失敗者，馬上轉向落荒而逃，也永遠離開了太陽系。

三體第一艦隊有一艘飛船一直沒有減速，只能掠過太陽系，威懾之後隨第一艦隊主力轉向，原著沒有說那艘飛船最開始的目的地是哪裡，只能現在是在私下推斷一下去向，但都沒有確切答案的。

按照書中的說法，第一艦隊下落不明最終發展成為星際文明在多個星系進行殖民，第二艦隊在Taurus星系附近與未知文明遭遇爆發黑暗森林打擊全軍覆沒。

關於三體遠征艦隊的去向問題，作者並沒有指出來，最後一次出現關於三體艦隊的描述是關一凡在DX3609行星上說的“Taurus方向的一場戰役很可能就是三體艦隊其中之一”

作者還提到過，三體星系被打擊的時候一部分艦隊分散到了宇宙各部，估計在宇宙中流浪的不僅僅是遠征艦隊……

事實上這根本不是重點，這只是作者用以加強“黑暗森林法則”理論依據的小插曲而已。