第一種說法：

秦瓊家祖上三代為官，故家中有很多僕從。其中一個僕從叫秦安，跟隨秦家多年，從小就像哥哥一樣照顧秦瓊，所以秦瓊一直稱呼秦安為哥哥，秦瓊就只能排行老二了。

第二種說法：

還是秦安。古代的排行是按伯、仲、叔、季順序來排的，伯是老大，仲是老二，叔是老三，季是老四。按順序秦瓊秦叔寶在家中是排行老三的。但是，秦安跟隨秦家多年，可能被秦家當成自己人照顧，故秦安可能叫秦伯安什麼的，被視為老大。而在秦家秦瓊只有一個親哥哥，原本在家中就應該是排行老二的，故被稱為二哥。

第三種說法：

秦瓊加入瓦崗寨後，瓦崗寨四十六友在賈柳樓結義。魏徵為大哥，為瓦崗寨丞相。而秦瓊為二哥，為瓦崗寨元帥。故秦瓊被稱為二哥。

秦瓊之所以被人稱為二哥，眾說紛紜，總結起來，大致有以下幾點:

第一，秦瓊的父親早年戰死沙場，是家僕秦安教會了他家傳金鐧，並照顧秦瓊長大成人。兩人感情十分好，雖不是親兄弟，卻勝似親兄弟，秦瓊為示尊重，便一直喊秦安為大哥，那他自己自然就是二哥了。

第二，秦瓊是山東濟南人，山東一直都有個習俗，就是對尊敬的人喊二哥，這個習俗一直流傳到現在。

第三，隋唐四十六友賈家樓結拜時，秦瓊排名老二，故大家都喜歡喊他二哥。大哥是魏徵，二哥秦瓊，三哥徐績，四哥程咬金......

第四種可能是我自己猜測的，那就是很有可能是電視劇導演安排的

一點淺見，不對的地方，還請各位多多指正