根據科學研究表明，生命起源於海洋，所以深海中存在生物並不奇怪，而至於它是如何起源的，普遍的解釋是 : 海洋中爆發了火山，火山灰和海水結合從而慢慢形成了生物，而後生物才逐漸進化，轉到陸地生活，因此深海中存在的生物應該是我們的祖先。

首先探討一下一個重要的科學實驗，1953年，年僅23歲的米勒與他的導師在形似這個模型的裝置中模擬了在原始大氣條件下無機物能合成有機物的反應過程，其結果從化學演化的角度，揭示了在原始海洋的環境中是可能誕生生命的。

生命進化歷史大致是如下所示

1、在距今約137億年前，一個體積無限小、質量無限大的點發生爆炸，我們稱它為“奇點”，宇宙從此誕生。地球誕生於距今約46億年前。當時，分佈在宇宙中的星子有100億以上，它們之間的碰撞逐漸形成了新的星球，地球就是這些傑作之一。第一，前寒武紀是自地球誕生到距今約5.41億年前，的一段漫長而缺少生命的時期。在前寒武紀時代中，地球上第一次出現了氧氣、原核生物等，這為更高階的生命在海洋中的大發展奠定了基礎；第二，震旦紀大冰期時代整個地球處於平均氣溫零下30至40度的環境之中，生命在火山口等適宜生命繁衍生息的地帶繼續生存了下來。同時，受火山爆發等活動的影響下，地球逐漸回溫，大冰期結束；第三，寒武紀，距今約5.4 億年-4.85億年間，該時期氣候溫暖，海平面升高，為新物種的誕生創造了極為有利的條件。距今約5.3億年前的寒武紀生命大爆發事件，是影響至今的。絕大多數的生物門類，都在短短几百萬年間紛紛湧現，第一次出現了脊椎的雛形、神經系統、消化系統、大腦、眼睛等結構；第四，二疊紀是古生代最後一個紀，距今約2.99-2.52億年間。在二疊紀末期發生了非常嚴重的二疊紀生物大滅絕事件，95%的海洋生物和75%的陸地生物就此消失，給當時的生態系統帶來了不小的打擊。中生代海洋距今約2.52-0.66億年間。在遭受了二疊紀末期生物大滅絕的打擊之後，生命逐漸復甦繁盛。中生代海洋中，以各式身體結構完善、適應海洋生活的海洋爬行動物為主，副以菊石等無脊椎動物。

2、新生代海洋是6600萬年前至今這段時間的海洋。新生代時期，海洋地理環境、生物種類都呈現除了全新的面貌。喜馬拉雅山脈逐漸隆起，南北兩極形成了極冷的氣候，海洋地理環境也形成了我們如今比較熟悉的七大洲四大洋的格局。新生代海洋中海生爬行動物大量減少，取而代之的是我們更熟知的腹足類、哺乳類、魚類、雙殼類等。

3、在海洋的1000米以下的區域叫無光層，這層也是深海環境。在這一層，已經完全沒有任何光，唯一的可見光都是發光生物產生的。儘管這裡低溫、缺氧、黑暗、巨大水壓、食物短缺是深海真實的寫照。

由此可見，深海動物可能起源於寒武紀生命大爆發事件，另外，在兩極極冷氣候形成的新生代海洋前，這些生物就已經存在了。