不耐受和過敏反應的生理機制不同，嚴重程度也不同，不耐受最嚴重也就是腹瀉，通常不需要額外治療即可自愈，但是過敏嚴重可以導致死亡，大多數情況需要及時干預才能恢復。

舉兩個最典型的代表案例：乳糖不耐受和花生過敏。

40%的華人其實攜帶乳糖不耐受的基因，牛奶中含有大量的乳糖，不耐受的意思是無法消化，因為不消化而無法吸收利用，乳糖會穿腸而過，表現出來的症狀就是會腹瀉，乳糖在腸道中會被腸道菌群發酵，產生大量的氣體，會讓人大量放屁，而且味道奇臭。

花生過敏在國外則非常常見，沒錯，還是基因惹的禍，花生過敏的機制是攝入花生後，花生中的某些蛋白質成分會被機體免疫系統錯誤的識別為敵人（入侵微生物等），進而呼叫ＩｇＥ抗體進攻這些蛋白質，伴隨著免疫應答的還有大量組胺的釋放，這種物質會改變細胞膜的通透性，引發區域性組織水腫，發生在食道和氣管時就會因為水腫導致窒息。花生嚴重過敏時，只需百分之一顆的花生就足夠引發過敏反應。

現在一般說的需要透過檢測來避免過敏原的食物不耐受檢測，其實是慢性食物過敏檢測；真正意義的食物不耐受它是與免疫系統沒有關係的，像乳糖不耐受就是人體缺乏乳糖酶導致與免疫是無關的。

食物過敏是IgE介導的Ⅰ型超敏反應，肥大細釋放組胺，反應時間短，反應激烈，會有腸道不適，體表會有紅疹、瘙癢等表現；

慢性食物過敏是IgG介導的Ⅲ型超敏反應，產生大量、穩定的抗原抗體複合物，發病更隱匿、涉及範圍更廣泛的過敏。臨床上最高致敏食物排名依次為：牛奶、雞蛋、魚蝦、花生、堅果。其他食品如經常食用的肉類、蔬菜、水果都可能讓一部分群體出現過敏症狀(因攝入食物不當引發的哮喘、過敏性鼻炎、溼疹、慢性腹瀉等)。

乳糖不耐受主要是缺乏乳糖酶引起的，在進食乳類食物後易出現腹瀉。而食物過敏的話，除了腹瀉，還易出現皮疹，甚至會引起咳嗽、哮喘等過敏症狀。