火影故事的起源簡單的說就是外星人大筒木輝夜和神樹，在大筒木剛來到地球時，只有白眼，這雙眼睛在形態和能力上都和寫輪眼有顯著差異。神樹結出果實後，被輝夜吃掉，然後她的額頭上長出了紅色的九勾玉輪迴眼，注意，這顆獨眼的形態和後來火影正傳後期出現的十尾的眼睛以及神樹的花心是非常近似的。那麼可以理解為，寫輪眼來自神樹，詳細的說就是神樹的能量和遺傳物質在大筒木這個外星人身上表達形成的寄生體。輝夜所吃掉的神樹果實中包含了決定神樹的生命力和精神力的兩部分基因，而這兩部分基因在輝夜吃掉果實之後和輝夜自身的遺傳物質發生了融合。後來輝夜和人類婚配產子，神樹的基因遺傳了給了長子大筒木羽衣（這個神樹的基因在哥哥身上表現為白色的無勾玉輪迴眼），而自己具有白眼的基因遺傳給了次子大筒木羽村。從兄弟二人後代的性狀表現來看，哥哥的後代（千手和宇智波）不包含白眼，而弟弟的後代（日向）則沒有寫輪眼，說明神樹的基因和白眼的基因在生下兄弟二人時就完全分離了。再後來，神樹的基因在哥哥羽衣的兩個兒子阿修羅和因陀羅身上繼續分離成生命力量基因（木遁）和精神力量基因（寫輪眼），到此宇智波一族寫輪眼的由來分析完畢。

這裡多說一句，由於生命能量和精神能量都是神樹力量不完整的兩部分，所以單憑宇智波一族自己的力量即使再怎麼修煉換眼，也就至多達到永恆萬花筒的境界，而萬花筒寫輪眼要進一步進化至輪迴眼必需要千手一族的力量（初代火影的細胞）。