歷史上，農村河道的清淤工程多是基於人工體力勞作的方式來完成。過去農村河道廣泛存在“挖河泥”的冬季作業，並有將挖出來的河泥進行漚肥後作為肥料使用的習慣，這種習慣很自然地解決了淤泥的去向問題。而現在由於鄉鎮企業的發展導致了一些農村河道遭受了工業汙水排放的汙染，而農村生活方式的變化也使得一些小型工業廢棄物、生活垃圾被棄置於河道之中。由於這些原因，一些河泥成為“汙泥”，其性質不再適宜直接還田或經過漚肥後作為肥料使用。另一方面，農業生產中化肥的使用越來越普遍，也使得原先用河泥漚制的肥料逐漸喪失了需求。

目前河道清淤已經從過去的僅以提高河道防洪、排澇和灌溉能力的傳統水利工程目標向生態水利目標拓展，也就是說在很多河道清淤工程的目標中都含有減少河道內源汙染，為河道水質改善提供保障的工程目的。

環保清淤包含兩個方面的含義，一方面指以水質改善為目標的清淤工程，另一方面則是在清淤過程中能夠儘可能避免對水體環境產生影響。環保清淤的特點有: ①清淤裝置應具有較高的定位精度和挖掘精度，防止漏挖和超挖，不傷及原生土; ②在清淤過程中，防止擾動和擴散，不造成水體的二次汙染，降低水體的混濁度，控制施工機械的噪音，不干擾居民正常生活; ③淤泥棄場要遠離居民區，防止途中運輸產生的二次汙染。

現在城市河道也普遍展開環保清淤工作，廣州在召開亞運會之前，為了改善河道水質，對城市河涌進行了普遍清淤，上海的蘇州河、南京秦淮河等城市河道都普遍實施了清淤工程。相對於湖泊而言，城市河道的環保清淤工程可稍微粗放一些，因為河道本身的流動性和交換的特點，施工的精度和二次汙染防治的要求都沒有湖泊敏感。目前環保清淤工程在淤泥的處理方面普遍採用了堆場堆放的模式，清淤產生的泥漿先進入堆場存放，在沉澱以後進行土地還原或者進行處理利用。

河道汙泥清理主要有兩方面原因，一是從生態方面考慮，汙泥如果不清理，還有大量的微生物容易產生水體汙染加劇，尤其是有人類生活接觸的河道，很多人類產生的垃圾進入河道沉澱在汙泥中；第二是從河流通暢方面考慮，如果不清理，長時間會導致河床提高，甚至高過河堤，到了汛期會有危險。比如在過去黃河的幾次改道就是因為這個原因產生的。