骨髓移植成功與否與人類HLA有關。

人類白細胞抗原 (HLA)基因位點同時存在於兩條第6號染色體的短臂上,每條上又由緊密連鎖的複雜的基因位點組成。每個位點都由幾個或幾十個等位基因中的一個組成。在細胞膜上,目前所發現的抗原已有200種左右。在實驗室目前所能檢測到的HLA抗原只有HLA－A－B-C、-D/DR 這幾大類。實驗室所測得兩人之間這幾種抗原相符合，不等於兩人的全部抗原中沒有不相符之處。在同胞兄弟、姐妹中從父母各接受一條染色體上每種基因的一個，所以是單倍體基因遺傳。同胞兄弟姐妹間基因配合方式完全相同率僅佔25％，父母與子代間總有一個單一型染色體上HLA的A、B等位點的配合不同,故除同卵的孿生兄弟或姐妹外,家庭成員間及無關供者間HLA相匹配的機率是極少的。

HLA最初是作為人類的主要組織相容性複合物(MHC)被發現的，其基因編碼所表達的抗原，參予控制免疫識別及細胞亞群間相互作用,故HLA不相匹配對移植物與受者組織之間的相互排斥有影響。臨床上一方面可產生移植物不能植活，另一方面可產生輕重不等的急性與慢性移植物抗宿主病，表現為面板、肝臟和胃腸道病變，嚴重者可導致死亡。因此,HLA的組織配型對供髓者的選擇和骨髓移植的成功與否，是重要環節之一。

但是，編碼HLA的知識一部分基因（6號染色體上的部分DNA），因此，極少數的沒有血緣關係的人即使配型成功，他們的基因組還是有較大的差別。