與佳能EOS 5D相比，5D Mark2最細微的改進，就是把全黑機身的EOS 5D黑色的熱靴插座，改成了5D Mark2金屬本色的熱靴插座。這一改進雖小，但是卻非常實用。因為EOS 5D黑色的熱靴插座只要把閃光燈插上、拔下幾次，熱靴插座上發黑處理的氧化物就被磨掉了，會顯得比較破舊，很難看。然而，不磨掉絕緣的發黑處理的氧化物就無法導電，因此這黑色的絕緣物一定要被區域性磨掉一些。而5D Mark2金屬本色的熱靴插座卻越磨越亮，不會因為使用閃光燈而損壞相機的外觀。另外，佳能EOS 5D Mark2的選單也有所改進，真可謂一目而瞭然。只要轉動撥輪，不同層次的選單就會一一展現在眼前，不會有個別選單被“藏著”、“掖著”的感覺，十分直觀。還有，曝光補償的增、減，有時會使初學者難以理解。現在佳能EOS 5D Mark2曝光補償選單，在加曝光的一側寫上“更亮”兩個漢字，在減曝光一側寫上“更暗”兩個漢字，初學者一看更懂

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全新的韌體版本為2.0.9，使用者可以下載並且進行升級，詳情如下：

佳能EOS5D Mark II數碼單反相機

1.提升相機在使用最新UDMA7技術標準CF卡的讀寫速度

2.解決了當使用沒有AF stop鍵的鏡頭且自定義功能C.Fn III-2設為[5: IS開啟]時IS功能無法工作的現象。出現該現象的原因是C.Fn III-2功能允許使用者將AF stop鍵設為IS工作鍵；

3. 修正了阿拉伯、葡萄牙、西班牙及泰國語選單中的拼寫錯誤。