影響很大。因為人體有一些伴生的微生物，被我們稱作有益菌群。如大腸桿菌，幫助我們分解腸道的食物有助於消化。還有一些微生物是致病性的。正常會被我們自身的免疫系統所排斥，如果侵入我們身體就會得病。有些甚至是致命的，如艾滋病毒等。我們在微生物的世界裡生存，就需要和他們保持正確的關係！

當微生物群落與宿主間生態關係失衡時，可誘發多種口腔慢性感染性疾病，包括齲病、牙髓根尖周病、牙周病、智齒冠周炎、頜骨骨髓炎等，嚴重危害口腔健康。更為重要的是，口腔微生物可以作為病灶，與全身系統性疾病關係密切。

人體口腔微生物，已經分離出來的就有400種以上。不僅會對我們的口腔有影響，而且會影響並導致咽喉炎、鼻炎等呼吸道不適症。現代醫學研究發現，當我們口腔的有害菌出現在我們的腸道，會導致胃腸道疾病，會提高腸道癌症的發病率。如果你的牙齦常常出血，有害菌會從口腔進入你的血液幹壞事。所以口腔衛生很重要。我們老話說：“病從口入”。部分口腔微生物可以突破胃腸道生理屏障，“住”在人體的胃腸道里，口腔與胃腸道中的微生物共同作用，共同調節人體健康。

口腔微生物群落是口腔及全身健康的重要標記。作為人體微生物群落的重要組成部分之一，口腔微生物群落因取材方便、與口腔及全身健康關係密切，成為HMP及“全民個體微生物組檢測專案”的重點關注物件。當與宿主處於平衡狀態時，口腔微生物群落可阻止外源性致病菌的入侵，發揮生理性屏障作用。