翁同龢和李鴻章結怨是因為翁同龢的哥哥翁同書。翁同書是翁心存的長子，翁同龢的哥哥。太平天國運動期間，翁同書出任安徽巡撫。在守衛壽州時，因為苗沛霖與壽州的團練首領孫家泰、蒙時中、徐立壯之間發生衝突，苗沛霖帶人包圍壽州。

翁同書為平息事態，招安苗沛霖，以通捻罪名殺了徐立壯，將孫家泰下獄，孫家泰在獄中自殺，又將蒙時中交給苗沛霖處置。但是苗沛霖還是不撤兵。最後清廷召翁同書回京，以賈臻代署安徽巡撫。翁同書又讓布政使張學鵬去勸告苗沛霖，壽州才解圍。

曾國藩對此不滿，讓李鴻章草擬奏章彈劾翁同書處置不善，李鴻章在奏摺裡寫到“臣職分所在，理應糾參，不敢因翁同書之門第鼎盛，瞻顧遷就。”這句話逼得清廷將翁同書下獄候斬，第二年減罪流放伊犁，期間翁同書父親翁心存病死。

雖然之後不久翁同書就得到了赦免，但是翁同龢還是把父親死亡和兄長被流放的原因歸結到了李鴻章身上，兩個人自此結仇。

首先，站隊問題。翁為一個保守派，李為一個創新改革派（原基礎上做出一定調整，不是自上而下的全部否定改革）。

其次，性格問題。翁是一定程度上迂腐，害怕新事物，講究的是穩定的過日子。李是好奇新事物，講究創新的。

最後，眼界問題。翁忠的是皇上一人，看重的是個人利益。李是忠於皇上的基礎上更忠於國家，看重的是國家利益，然後再是自己的利益