確實有一些出入，漫畫的劇情更完整，動漫則是為了兼顧企劃，在一定程度上壓縮了劇情。

比如說RE終章，刪減了多多良變身的過程，亞門與瀧澤的戰鬥也被略去，這兩段戰鬥本來都是十分精彩的。漫畫裡多多良變成赫者形態打鬥前後用了不少篇幅，動漫裡對這一段則是一帶而過，僅僅畫出了多多良赫者化的一部分，雖然也超級帥，但缺少了細節方面的處理。而到了第四集，更是直接跳過六月的黑化，也刪去了亞門與瀧澤的赫者之戰，這一部分的刪減對總體的劇情影響不大，但卻會降低劇情的流暢性和觀感，對於鐵粉來講，多少都會有些難以接受。六月後期實力大增，甚至到了可以任意操控RC細胞值的程度，中間的黑化與回憶是解釋六月變化的客觀事實。而亞門與瀧澤的雙赫者之爭則更加精彩，亞門與瀧澤首次赫者化，展現出SSS級的實力，激烈程度僅次於有馬與金木的巔峰之戰，兩人之間的矛盾也藉此化解。

我們拋去敘述性的情節，僅僅就打鬥場面進行總結，RE終章的巔峰戰鬥有以下幾個:

有馬與金木的獨眼之王交替

泉姐與二福的次元之爭

瀧澤強勢壓制火焰赫者多多良

瀧澤與亞門的雙赫者之戰

流島戰役的特等和S級以上的喰種混戰

CCG現任最高戰力鈴屋什造暴削半赫金木

金木化龍橫空凌駕

四方與唄的最強半赫者對決

才子展現出神入化的赫子操作輕取黑化瓜江

六月赫子高度凝聚化

神父與亞門的父子局

V組織首領芥子獨戰CCG高層戰力

金木與二福的巔峰對決

金木秒削龍之本體

總結來說，RE終章很精彩但略有遺憾，可以結合漫畫來理解整體劇情。