湯姆·索亞是一個調皮的孩子，受姨媽波莉監護。他的調皮讓姨媽無可奈何。一天，湯姆見到了可愛的姑娘貝琪，並對她展開攻勢，也得到了迴應。鎮上有個孩子叫哈克貝利·費恩，他的父親總是酗酒，父母一直打架，因此他跑出來自己生活，看起來和文明社會格格不入，可和湯姆是好朋友。

一天他們約好晚上去墓地，在那裡他們看到魯濱遜醫生、惡棍印第安·喬和正醉酒的莫夫·波特。 廝打中，印第安·喬把醫生殺死，又嫁禍於被打昏的波特身上。湯姆和哈克因為害怕而立誓決不洩密。

波特被捕以後，湯姆十分內疚，常去看望他。此時的湯姆事事不順，貝琪不再理他，波莉姨媽總是呵斥他，他覺得沒人關心他。於是，湯姆、哈克和另一個孩子乘小船去了一個海島。後來他們發現村裡的人們以為他們淹死了，正搜尋他們的屍體。

最終，他們在村民們為他們舉行葬禮時回來了。夏天來臨時，湯姆更加不安，法官將對波特判決。湯姆終於戰勝恐懼，指出印第安·喬就是殺人兇手。可兇手還是逃走了。後來，湯姆和哈克偶然發現了印第安·喬和他的不義之財，但他們不知道錢藏在哪裡。

同學們外出野餐時，哈克得知印第安·喬要加害道格拉斯寡婦，因為其丈夫曾送他進監獄，哈克及時報信避免了悲劇發生，可印第安·喬再次逃跑。 此時，湯姆和貝琪在野餐時走進一個山洞並迷路，還再一次遇見印第安·喬。

村民救出湯姆和貝琪後封死了山洞。後來湯姆告知村民印第安·喬還在裡面。當找到他時，他已經死在山洞裡。惡人得到了報應。湯姆和哈克再次回到山洞，找到寶藏。