1964年9月，由於印尼特務的挑撥離間，新加坡又發生了嚴重的種族暴亂。“馬來人至上”的觀念也逐漸走向了舞臺的中心。非馬來人的政黨都公開表示反對“種族主義” 的信條。當時第一任首相東姑阿都拉曼擔心華人會主宰馬來西亞的政治及經濟環境，他認為，解決兩個族群衝突的最好辦法就是以華人為主體的新加坡獨立出去，以保證馬來族的統治。於是，以巫統為首的執政聯盟在國會緊急透過修改憲法，以126票贊成、0票反對將新加坡驅逐出馬來西亞。

1965年8月9日，新加坡脫離馬來西亞，成為一個有主權、民主和獨立的國家。同年12月22日，新加坡成為共和國，尤索夫·賓·伊薩克出任首任總統。建國以後，新加坡人民的集體危機感成經濟奇蹟原動力，靠著勤奮的打拼在逆境中求得生存，新加坡在建國後尋求國際承認，於1965年9月21日加入聯合國。同年10月新加坡加入英聯邦。1967年新加坡也協立東盟。作為一個蕞爾小國，世界對於新加坡是否能繼續存在表示疑問，除了主權糾紛，其它重要的問題包括住宅短缺，缺乏土地與天然資源。失業率當時高達12%。

新加坡為了求存求活，開始一連串的措施來發展工業及經濟。於1961年設立的經濟發展局致力於實行國家經濟發展方針，重視製造業，裕廊工業區正式成立，並在加冷、大巴窯等地建立輕工業基地。為了吸引外資，政府決定給予外國企業優惠。同年，經濟發展局重組，裕廊鎮管理局以及新加坡發展銀行也在該年成立。工業化之迅速使得新加坡的製造業在十年內成為世界主要電子產品出口國。雖然新加坡的國內政治上的自由空間逐漸被壓制，經濟上卻取得高速發展，很快成為東南亞重要的金融和轉口貿易中心，成為當時的“亞洲四小龍”之一。與此同時，人民的生活水平也得到大幅度提高，住房、教育、交通等問題都得到解決。