如果您是自主申請，申請專利填寫專利申請書時，將核心技術中部分內容作為技術秘密保護，不列入申請中。另外一部分核心技術申請專利保護起來。這樣對於技術人來說也是最有利的方式。如何合理區分保護範圍，避免範圍過小沒有保護到位，也要避免範圍過大，核心技術點全部被公開，這個可以依據技術具體情況向專業撰寫人員諮詢。 如果您是尋求代理機構申請，注意尋求專業有資質代理公司，簽訂保密協議，規定清楚保密範圍與違約的權責。只要確定了公司真實有效性,有沒在國家智慧財產權局備案,簽了保密合同後就可以將資料給代理機構的。

個人申請專利，如果以前沒有什麼申請經驗的話，最好還是找個專利代理機構，並簽署代理協議（包含保密條款）。

保密條款中應約定：

1）需要保密的內容；

2）需要保密的時間；

3）違約責任。比如約定如果洩密承擔多少違約金。一般比較大型正規的代理機構都有自己的格式條款。

簽訂協議的目的除了保密，主要還是規範雙方的責任和義務。專利申請主要是兩部分工作，實體工作（即撰寫申請檔案、答覆審查意見等）和程式工作（與智慧財產權局的檔案往來，如委託書，申請表格等等），專利代理機構在這兩方面，特別是程式方面有較規範的管理和經驗。要知道超過8成的專利申請都是因為程式問題（例如錯過了答覆的時間，少交了檔案，或檔案不規範等等）而沒有最終授權的。