題主提問的細節是"專碩"、"申請博士"、"歧視"，不是很詳細。

筆者在985大學博士畢業後在高校，算是對讀博有點心得。你所謂的"歧視"得區分具體的情況，最好諮詢你意願讀博的高校和學院的研究生院老師。

專碩和學碩比較關鍵的區別中有一點就是專碩無法碩博連讀，需要參加博士招生統考。可是這樣的話會產生一個問題，不少985高校已全面採用申請考試製選拔博士，而非之前的統考，專碩讀博怎麼辦。據我所知，我的母校中南大2018年博士招生，沒有明確要求是學碩，比如我的師妹就是專碩讀博。但是在985高校的申請考核制中，本科學歷和科研成果（論文、專利等）很關鍵，如雙非院校的學生會有諸多限制（就是題主說的"歧視"）。若你意願讀博的學校採用統考+申請考核制的綜合模式，專碩可能會被要求必須參加統考，不能直接透過申請考核制獲得名額。

不管題主選用何種方式讀博，導師都是關鍵，必須在考試/考核之前確定你意願的導師，得到他的認可（郵件聯絡、面談都可以），獲得他今年的招生指標，再去報考。不建議啥都不問，直接就選個學校/專業報考博士，博士招生指標少，大部分導師一年一個招生指標，就算考核透過可能也沒有招生接受，很尷尬的。

研究型碩士會更有優勢。專業型碩士面向企業，訓練內容不一樣。

不過如果你研究能力特別強，已經有比較好的文章發表，會是決定性優勢。至少我招博士，主要考慮就是學生能不能出文章，這也是對學生負責。

建議努力做研究，帶論文申請博士。

補充一下，我說的是國外大學的情況，國內高校可能會有其它硬性要求。