主要區別是，科目分類不同、形態特徵不同、生活習性不同，具體如下：

一、科目分類不同

1、瓢甲科

昆蟲綱、鞘翅目、多食亞目、扁甲總科 。

2、葉甲科

昆蟲綱、鞘翅目、多食亞目、葉甲總科。

二、形態特徵不同

1、瓢甲科

此類昆蟲通稱“瓢蟲”。多為紅、褐、黃、白、黑色等，常具鮮豔色斑。頭小，後部嵌於前胸。觸角一般11節，錘狀。跗節隱4節。腹部可見5或6節腹板。幼蟲行動活潑，蛃型，腹部末端尖削，體上生有很多帶有刺毛的突起或分枝的毛狀棘，有的附有白色蠟粉。

2、葉甲科

葉甲科昆蟲的成蟲多有豔麗的金屬光澤。跗節為假4節型，實際5節，其第4節極小，隱藏於第3節的兩葉中。頭型為亞前口式，唇基不與額癒合，前部明顯分出前唇基，其前緣平直。前足基節窩橫形或錐形突出，基節窩關閉或開放。成蟲鞘翅一般蓋及腹端，後翅發達，有一定飛翔能力。

三、生活習性不同

1、瓢甲科

肉食性種類的成蟲和幼蟲主要捕食蚜蟲、介殼蟲、粉蝨、蟎類等害蟲，是一類重要的天敵昆蟲，如七星瓢蟲、黑緣紅瓢蟲、異色瓢蟲等。植食性的種類，如茄十一星瓢蟲、茄二十八星瓢蟲等，屬一類重要農業害蟲。

2、葉甲科

該科成蟲和幼蟲均為植食性，取食植物的根、莖、葉、花等。許多種類對農作物、蔬菜、林木、果樹、牧草造成嚴重危害，葉甲科昆蟲的寄主植物以被子植物為主，裸子植物極少。