主要是用顯微鏡區分，寄生蟲引起的爛鰓，如車輪蟲魚大多數在池塘周邊跑，指環蟲在池塘中間跑，吃飼料的時候炸群，有爛鰓病的魚出現黑頭黑身體.

細菌性爛鰓引起的組織病變不是發炎和充血，而是病變區域的細胞組織的潰爛腐爛出血。一般鰓組織病理變化經過炎性水腫、細胞增生和壞死三個過程。慢性的多為鰓組織增生為主，病程長；急性的由水腫快速轉化壞死，病程短。檢測方法是用顯微鏡觀察鰓組織有沒有大量細長滑動的桿菌確定。

寄生蟲性爛鰓一般表現為腮部明顯浮腫，腮張開狀態、腮失血、神情呆滯、嚴重時停滯進食，最後窒息死亡，死亡率非常高。檢查方法就是在顯微鏡下，腮上有沒有大量寄生蟲及真菌寄生來確定。

細菌性爛鰓病

　　主要有三個症狀：

　①體色發黑，尤其是頭部，江浙漁民稱為“烏頭瘟”。獨自在池邊或浮於水面慢慢遊動，反應遲鈍，呼吸困難，食慾減退；嚴重時，離群獨游水面，不吃食，對外界刺激失去反應。

　②鰓絲末端腐爛、充血，有時被成塊的汙物和泥土粘著，嚴重時鰓絲被浸蝕成柱狀。

細菌性爛鰓：會出現持續性死亡，比如說第1天幾十條，第2天100多條，第3天三四百條，後面幾天可能會持續三四百條繼續死亡。

　　我們經常會問大家你的水溫是多少？你的魚死亡了多少天，每天死亡多少，其實我們就是作為一個判斷的依據，分析有沒有可能是病毒性爛鰓。

　　寄生蟲引起的爛鰓

　　常見的寄生蟲有鰓隱鞭蟲、車輪蟲、指環蟲、三代蟲、孢子蟲、小瓜蟲、纖毛蟲、中華蚤等。這幾種寄生蟲裡面除了中華蚤可以透過肉眼直接判斷外，其它的需要藉助顯微鏡判斷。