《秦時明月》裡的神秘組織有“流沙”、“羅網”、“夜幕”，“影密衛”當然還有“百越殺手團”。

“流沙”：聚散流沙，生死無蹤。

是由韓非和衛莊為保護南韓而創立的，後由衛莊的帶領，成為七國中有名的賞金刺客殺手團，分主部流沙，支部逆流沙。

“羅網”：天羅地網，無孔不入。

由趙高管理的秦國刺客團，以蜘蛛為組織目標。勢力遍佈七國之中，即便是殺一個國家的重要人物也如探囊取物一般，組織內有尊卑分明等級制度和嚴苛的晉級條件，商鞅、扁鵲、公孫衍（僅動畫）都曾上過羅網的死亡名單。

提到羅網不得不說說一下田言這個人，她是農家烈山堂的大小姐，有“農家第一智囊”的美譽。隱藏身份卻是秦朝中車府令趙高手下“羅網”組織中的頂尖殺手——驚鯢，隸屬“越王八劍”，位列“天級一等”，深受趙高信任，實力之強，深不可測，不在當年玄翦之下，加入羅網原因不明。

“夜幕”：皚皚血衣侯，石上翡翠虎，碧海潮女妖，月下蓑衣客。

《秦時明月》姊妹篇《天行九歌》中的組織，由南韓大將軍姬無夜一手建立和壯大，由“四凶將”和“百鳥”組成。明面上是保護韓王的私人組織，實際上姬無夜橫行南韓的利器，和羅網有利益來往關係。

“影密衛”：由章邯帶領的秦王貼身部隊

“百越殺手團”

百越部族留下的殘部，由百越王子天澤帶領，麾下各人都有著不凡的能力，能夠以一敵百。

總結下來這些組織當初建立的目標都很明確，並且都集合了一些一等一的高手，實力都不容小覷，都很神秘！