自主招生考試是在高考後進行，自主招生志願填報也在高考後進行填報，根據大多數省市志願批次填報安排，通常的填報時間順序為：

提前批-自主招生-本科批（大多數省份本一本二合併為本科批次）-專科。

有上可以看出，自主招生的填報是在提前批之後，本科批次之前（是不是就是題所說的高考專項志願？）

自主招生志願和本科批次（題主的高校專項志願？）志願是不衝突的。自主招生考試是為分數不高的同學開了綠色通道，當然前提是你要符合院校自主招生考試稽核要求。高考結束後再參加所填報院校的自主招生考試，並根據考試結果在志願填報中享受相應優惠，比如校考特別好的可能只要高考分數達一本線即可錄取自主招生時所報專業。

考生想進入自主招生院校，必須在自主招生志願欄中填寫自主招生院校，為防萬一，建議考生在本科一批志願中第一志願依然選擇自主招生院校。

如果考生考分相對較高，想去其他更高層次院校，那麼可以在本一志願中把其他想去的院校填在自主招生院校之前，這樣根據平行志願錄取順序，如果達到前面所填院校投檔分數線，就會被這個院校先錄取，不會去往自主招生院校。

如果考生想徹底放棄自主招生院校也可以，就是不在自主招生院校志願欄裡填寫，或者不去參加該院校組織的考試。

以上內容是根據2017年招生政策整理，不排除部分高校或許會有新的政策要求，一切以高校最終通知及各省市教育考試院釋出要求為準。