(一)評價標準非常靈活

績效審計的評價標準都存在很大的靈活性。首先，不同國家、不同地區的政策和環境會有差異；其次，被審計物件也千差萬別，衡量的標準不一定相同，這就需要審計人員事先與被審計單位充分溝通，尋求一種與被審計單位不存在重大分歧的評價標準；再有，不少評價標準是難以量化的，自然就存在很大的靈活性。因此績效審計是沒有一套放之四海而皆準的評價標準的，甚至連評價指標體系的邏輯和結構也不是硬性規定的，評價標準在很大程度上依賴於審計人員的專業知識和經驗。

(二)審計結論側重建設性

績效審計與財務審計、合規性審計不同，不側重於監督查詢違法違規問題，而是更強調評價職能，以促進改善為主要目標。對實際職責履行情況和效益實現情況的評價，是為了找出實際情況與理想狀態的差距，分析其中影響的因素，從而對尚未完善的地方提出改進建議。績效審計一般不作出審計決定，審計結論的強制程度較低，提出的建議也不一定是非常具體的措施，可以是方向性的建議，供被審計單位和相關部門採納。

(三)審計涉及範圍非常寬廣

績效審計涉及的內容非常寬泛，僅以環境績效審計為例，則包括環境政策執行、資源利用、環境治理、環境資金、環境管理活動等等，對效益的評價不僅包括經濟效益，還包括環境效益、社會效益。例如，對一個有害廢物處置中心建設專案的績效評價，不僅涉及廠房建設和裝置購置，還涉及有害廢物在城市的運輸、有害廢物堆放對空氣的影響、在下雨天對附近河流水質的影響、有害廢物處理工作人員的健康安全、周邊居民對此建設的意見等，需要運用發散思維去觀察和分析。

(四)部分評價比較困難

績效評價中的一些事項涉及範圍廣，表現形式也多種多樣，而且內在的因果關係往往特別複雜，難以進行定向的判斷和評價。例如汙水處理專案中關於附近河段水質改善情況的評價，假如水質改善了，是否就能歸功於本專案的效果？還是附近其他環境治理專案起到了更重要的作用？假如水質沒有得到改善，是否就代表這個專案實施得不成功？會不會存在雖然本汙水處理專案實施成功，但此河段受到了其他人為汙染的情況？所以，要對類似的問題進行客觀、恰當的評價不是一件容易的事，必須仔細、多方面去分析。