沉澱DNA時，用到的醋酸銨溶液pH在8左右，略微鹼性。

DNA的沉澱：

採用無水乙醇沉澱DNA是實驗室的常用方法。

在DNA溶液中，DNA分子與水分子呈水合狀態，當加入乙醇後，乙醇可以奪去DNA分子周圍的水，從而使得DNA分子失水而易於聚合。 乙醇的優點是可以任意比和水融合，而且不會和DNA發生化學反應，DNA分子在乙醇中能夠穩定儲存，因此可以作為沉澱DNA的良好試劑。

一般用2倍體積的無水乙醇沉澱DNA,使乙醇最終含量為67%左右（關鍵）。當沉澱RNA時一般用2.5倍的體積。因此也可以用95%的乙醇等代替，但是此時終體積將會較大，且DNA在溶液中會有一定的損耗。因此當多次沉澱時，做好採取折中的方法，即初次用95%的乙醇沉澱後，之後採用無水乙醇代替。

另外也可以用0.6倍體積的異丙醇（IPA）沉澱。與乙醇相比，異丙醇比較疏水，極性較弱，因此鹽離子會與DNA分子共沉澱，不利於去鹽，但卻因此可以去除蛋白質、糖等雜質（高濃度的鹽可以使糖存在於溶液中從而去除）。而乙醇可以有效去除鹽離子。另外，乙醇易揮發，所以通常會先用異丙醇沉澱，再用乙醇多次洗去鹽。

沉澱時間一般是15-30分鐘即可。

沉澱過程中一般會加入醋酸鈉或氯化鈉，因為在pH為8時，DNA分子帶負電荷，鹽釋放的正電荷可以與其反應，從而促進其聚合沉澱。當然鹽離子濃度也不可太高，否會影響後續反應，如酶切等，故得多次脫鹽。