FDA染色法：FDA是一種積累在活原生質體膜中的無熒光、無極性、可透過完整的原生質體膜的染料，能被熒光顯微鏡檢測出來。FDA一旦進入原生質體後，由於受到脂酶分解而產生有熒光的極性物質，因此有活力的、完整的細胞便產生黃綠色熒光，而無活力的原生質體不能分解FDA，因此無熒光產生。FDA染色測活性的方法如下：取洗滌過的原生質體懸浮液0.5mL，置於10mm×100mm的小試管中，加入FDA溶液使其最終濃度為0.01%，混勻置於室溫條件下5min後，用熒光顯微鏡觀察，發熒光的原生質體為有活力的，不產生熒光的為無活力的。由於葉綠素的關係，葉肉原生質發黃綠色熒光的為有活力的，發紅色熒光的為無活力的。另外還有：（1）酚藏花紅染色法（phenosafranine）：使用酚藏花紅時的終濃度為0.01%，它只能使無生命力的原生質體被染成紅色，活的原生質體不能染色。（2）熒光增白劑（calcofluor：white，CFW）染色法：熒光增白劑能夠透過檢測細胞壁再生的開始而確認原生質體的活力。熒光增白劑束縛新合成的細胞壁中的β-葡萄糖苷鍵，透過觀察質膜周圍的熒光環可以觀察到細胞壁是否合成。當0.1mL原生質體與0.5μL的0.1g100mL的CFW溶液混合可以得到最佳染色效果。最後用培養基將原生質調到一定密度進行培養。一般原生質體的培養密度為10superscript4superscript10superscript6superscript個mL。