一般來說，由於殺菌劑可以有效殺滅微生物菌劑產品中的活性微生物，因此殺菌劑的使用跟微生物菌劑的使用應該錯開，即使用殺菌劑的時候不要使用微生物菌劑；剛剛使用過微生物菌劑儘量不要馬上使用殺菌劑。

如果能分辨殺菌劑具體是哪一種（是殺真菌劑還是殺細菌劑，或者是廣譜殺菌劑？），則可以在使用殺菌劑的同時，針對性的配合使用一些微生物菌劑則效果更好。例如：專性殺真菌劑可以配合芽孢桿菌、固氮菌、根瘤菌以及放線菌等細菌型微生物菌劑使用，反之，殺細菌劑 可以與木黴、白僵菌、綠僵菌、黑麴黴等真菌類微生物菌劑。

如果一定要在使用過殺菌劑之後使用微生物菌劑，同時又確實針對所要使用的微生物菌劑 有比較強烈的殺滅效果，需要注意的原則就是：一定要等殺菌劑的殺菌活性自然消除的差不多之後再使用微生物菌劑！而這個有效期，不同的殺菌劑的差別很大，建議仔細閱讀產品說明或者向專家請教。

根據實際生產中的經驗，一般要間隔3-5天再使用；保守起見，可以考慮使用殺菌劑間隔一週以上再使用微生物菌劑，則效果基本上可以保證。

嚴格來講，您的問題應該透過嚴謹的科學實驗來驗證某一種或者某一類殺菌劑半衰期，然後再確定什麼時機使用微生物菌劑。

以上回答並沒有直接的參考資料，邏輯性、嚴謹性等有待於進一步考證，僅供參考。