X戰警三中回來的琴女控制不住自己能力把教授輾成灰。

後在電影彩蛋出現一個女助理照顧一個植物人，植物人突然開口說話嚇了助理一跳。

金剛狼二彩蛋，狼叔過安檢，察覺到不對，轉身伸出骨爪，卻被定住，是恢復能力的萬磁王控制狼叔，教授坐著輪椅過來，定住所有人。狼叔一臉驚訝說不出話，萬磁王對他說，黑暗勢力就要來了，變種人有大危機——哨兵計劃

這彩蛋透露出，植物人是教授的弟弟，教授奪舍了他身體，萬磁王恢復能力，以及逆轉未來中哨兵機器人

逆轉未來後，一切重新來過，所以教授也沒有被琴殺死了。逆轉未來，天啟，金剛狼三，裡面的教授都沒有受影響

因為X教授在琴葛蕾爆發的時候，意識就已經轉移到一位病人的身體裡了，所以成功“復活”。

這個轉移也不是突然來的，在《X戰警3：背水一戰》裡有鋪墊。

後來，琴葛蕾黑化，X教授直接在琴葛蕾的面前灰飛煙滅。

在《X戰警3：背水一戰》結尾，那位病人喊出了醫生的名字，醫生認出了X教授，不過X教授沒有露出正臉。

參考漫畫的類似設定，這位病人是X教授的同胞兄弟，X教授由於腦力太強，在母親腹中就將同胞兄弟的意志殺死，所以那位病人沒有任何智力。

在《金剛狼2》的結尾彩蛋，狼叔在過安檢的時候，遇到了X教授和萬磁王，狼叔一臉懵逼。至此，引出了下部電影《X戰警：逆轉未來》。