從目前的研究結果來看，引起草魚肝膽綜合症的原因主要有飼料因素、環境因素和藥物因素三大類：
1、引發草魚肝膽綜合症的營養因素：
1.1 飼料蛋白質和碳水化合物含量過高，多餘的蛋白質和碳水化合物經過一系列的轉化在肝臟中合成脂肪，並在肝臟蓄積，特別是中性脂肪的積累，會導致肝臟脂肪積累過度、肝細胞空泡化、肝細胞出血壞死，干擾魚體的正常營養代謝。魚類攝食多不飽和脂肪酸含量不足或飽和脂肪酸含量過高的飼料會引起甘油三酯在肝臟中積累，脂肪在肝臟中的沉積速度加快。
1. 2 飼料中缺乏膽鹼
膽鹼不足導致魚體脂肪代謝紊亂，魚類生長減緩，從而引起肝臟中脂肪含量顯著上升，肝臟病變損傷。
1.3 飼料黴變、飼料脂質氧化
飼料黴變或脂質氧化會產生有毒有害物質，如黃麴黴毒素、酸敗的脂肪酸等，這些會引起魚類肝臟細胞腫大、膽囊腫大變黑，肝臟脂肪變性、肝臟細胞核固縮，造成肝細胞損傷，代謝機能失調等症狀。
1.4 飼料非常規原料的使用
棉粕中的棉酚、菜粕中的硫葡萄糖甙、劣質魚粉中的亞硝酸鹽等有毒有害物質均能引發魚類的肝膽類疾病。
2、引發草魚肝膽綜合症的環境因素：過度密集的養殖環境會引起水體中的氨氮濃度過高，由此導致魚體內氨的代謝產物難以正常排出而蓄積於血液之中，引起魚類代謝失衡引發肝膽疾病。
3、引發草魚肝膽綜合症的藥物因素：水產養殖中普遍存在濫用藥物的狀況，如低劑量、長期在飼料中新增呋喃唑酮、氯黴素、磺胺類等，或者是使用副作用大、殘留高的魚藥如敵百蟲、硫酸銅等藥物，這些都會造成草魚的肝損傷。
不論是飼料因素、環境因素還是藥物因素，草魚肝膽綜合症的主要誘因都是脂肪分解、代謝機能受阻，導致肝膽功能逐漸喪失。肝臟是魚類最大的腺體，也是最主要的代謝器官，除分泌膽汁，幫助消化吸收外，還可把吸收的營養素合成糖元、脂肪和蛋白質，同時也擔負著解毒、維生素貯藏、免疫等重要的作用。其一旦受到損傷或發生病變就會導致魚類機體新陳代謝紊亂、免疫力和抗病力下降，也極易爆發繼發性傳染性疾病，嚴重威脅草魚的健康養殖發展。
從目前的研究結果來看，引起草魚肝膽綜合症的原因主要有飼料因素、環境因素和藥物因素三大類：
1、引發草魚肝膽綜合症的營養因素：
1.1 飼料蛋白質和碳水化合物含量過高，多餘的蛋白質和碳水化合物經過一系列的轉化在肝臟中合成脂肪，並在肝臟蓄積，特別是中性脂肪的積累，會導致肝臟脂肪積累過度、肝細胞空泡化、肝細胞出血壞死，干擾魚體的正常營養代謝。魚類攝食多不飽和脂肪酸含量不足或飽和脂肪酸含量過高的飼料會引起甘油三酯在肝臟中積累，脂肪在肝臟中的沉積速度加快。
1. 2 飼料中缺乏膽鹼
膽鹼不足導致魚體脂肪代謝紊亂，魚類生長減緩，從而引起肝臟中脂肪含量顯著上升，肝臟病變損傷。
1.3 飼料黴變、飼料脂質氧化
飼料黴變或脂質氧化會產生有毒有害物質，如黃麴黴毒素、酸敗的脂肪酸等，這些會引起魚類肝臟細胞腫大、膽囊腫大變黑，肝臟脂肪變性、肝臟細胞核固縮，造成肝細胞損傷，代謝機能失調等症狀。
1.4 飼料非常規原料的使用
棉粕中的棉酚、菜粕中的硫葡萄糖甙、劣質魚粉中的亞硝酸鹽等有毒有害物質均能引發魚類的肝膽類疾病。
2、引發草魚肝膽綜合症的環境因素：過度密集的養殖環境會引起水體中的氨氮濃度過高，由此導致魚體內氨的代謝產物難以正常排出而蓄積於血液之中，引起魚類代謝失衡引發肝膽疾病。
3、引發草魚肝膽綜合症的藥物因素：水產養殖中普遍存在濫用藥物的狀況，如低劑量、長期在飼料中新增呋喃唑酮、氯黴素、磺胺類等，或者是使用副作用大、殘留高的魚藥如敵百蟲、硫酸銅等藥物，這些都會造成草魚的肝損傷。
不論是飼料因素、環境因素還是藥物因素，草魚肝膽綜合症的主要誘因都是脂肪分解、代謝機能受阻，導致肝膽功能逐漸喪失。肝臟是魚類最大的腺體，也是最主要的代謝器官，除分泌膽汁，幫助消化吸收外，還可把吸收的營養素合成糖元、脂肪和蛋白質，同時也擔負著解毒、維生素貯藏、免疫等重要的作用。其一旦受到損傷或發生病變就會導致魚類機體新陳代謝紊亂、免疫力和抗病力下降，也極易爆發繼發性傳染性疾病，嚴重威脅草魚的健康養殖發展。