與原作的區別《名偵探柯南》動畫中各個案件的順序與漫畫原作中的順序有很大的區別，也存在部分情節的刪減，並且增加了動畫原創故事（參考下文的動畫目錄）。相應地，動畫中部分人物的登場時期也有所改變（如少年偵探團的成員們在動畫第1話便登場，鈴木園子的登場時間也被提早）。 動畫前期的每話標題幾乎都是以“XX事件”的形式出現，後期不再使用這種標題。 動畫中的《新幹線大爆破事件》和《奇怪的尋親殺人事件》中有關黑衣組織的部分情節被修改：漫畫中《新幹線》裡出現了琴酒和伏特加，但動畫中改成了與組織毫不相干的兩人；而漫畫《尋親》中殺死宮野明美的琴酒和伏特加在動畫中也改成了沖田，而且明美未死。然而，這種改動造成後面的情節無法自圓其說（特別是與灰原哀登場有關的明美之死的劇情與後文無法銜接），於是動畫製作組就在灰原哀登場篇之前製作了第128話《黑衣組織10億元搶劫事件》，在此話中補完了明美之死的劇情；原作中柯南是在《新幹線》中透過竊聽得知“琴酒”、“伏特加”兩個代號，而動畫中由於劇情被修改，內容改變為在《霧天狗傳說殺人事件》中柯南在獨白中提及自己已經得知兩人的代號，但是具體透過何種途徑則不得而知。考慮到劇情因素，動畫後期關於黑衣組織的情節也不再避諱。 由於觀看動畫的主體是未成年人，考慮到這一點，動畫中關於死者血液的描寫均改為黑色而非紅色。 在後期的動畫中，死者的眼睛由原作中的睜著改為閉著。同樣，“屍體”一詞也改用比較中性的“遺體”一詞來代替。（其實前期的部分集數中已經出現這種現象，但是後期更為普遍） 動畫第622話《緊急事態252（前篇）》中，考慮到“3·11”震災中民眾的心情問題，動畫製作組也刪減了原作中關於地震的描寫。
與原作的區別《名偵探柯南》動畫中各個案件的順序與漫畫原作中的順序有很大的區別，也存在部分情節的刪減，並且增加了動畫原創故事（參考下文的動畫目錄）。相應地，動畫中部分人物的登場時期也有所改變（如少年偵探團的成員們在動畫第1話便登場，鈴木園子的登場時間也被提早）。 動畫前期的每話標題幾乎都是以“XX事件”的形式出現，後期不再使用這種標題。 動畫中的《新幹線大爆破事件》和《奇怪的尋親殺人事件》中有關黑衣組織的部分情節被修改：漫畫中《新幹線》裡出現了琴酒和伏特加，但動畫中改成了與組織毫不相干的兩人；而漫畫《尋親》中殺死宮野明美的琴酒和伏特加在動畫中也改成了沖田，而且明美未死。然而，這種改動造成後面的情節無法自圓其說（特別是與灰原哀登場有關的明美之死的劇情與後文無法銜接），於是動畫製作組就在灰原哀登場篇之前製作了第128話《黑衣組織10億元搶劫事件》，在此話中補完了明美之死的劇情；原作中柯南是在《新幹線》中透過竊聽得知“琴酒”、“伏特加”兩個代號，而動畫中由於劇情被修改，內容改變為在《霧天狗傳說殺人事件》中柯南在獨白中提及自己已經得知兩人的代號，但是具體透過何種途徑則不得而知。考慮到劇情因素，動畫後期關於黑衣組織的情節也不再避諱。 由於觀看動畫的主體是未成年人，考慮到這一點，動畫中關於死者血液的描寫均改為黑色而非紅色。 在後期的動畫中，死者的眼睛由原作中的睜著改為閉著。同樣，“屍體”一詞也改用比較中性的“遺體”一詞來代替。（其實前期的部分集數中已經出現這種現象，但是後期更為普遍） 動畫第622話《緊急事態252（前篇）》中，考慮到“3·11”震災中民眾的心情問題，動畫製作組也刪減了原作中關於地震的描寫。