種群密度調查方法以及具體操作如下：

1、樣方法其原理是：在被調查種群的分佈範圍內，隨機選取若干個樣方，透過計數每個樣方內的個體數，求得每個樣方的種群密度，以所有樣方種群密度的平均值作為該種群的種群密度估值。

2、標誌重捕法其原理是：在被調查種群的活動範圍內，捕獲一部分個體，做上標記後再放回原環境，經過一段時間後再進行重捕，根據重捕到的動物中標記個體佔總個體數的比例，來估計種群密度。即若將該地段種群個體總數記為N，其中標誌數（重捕前放回的標誌個體數）為M，重新捕獲的個體數為n，重捕中被標誌的個體數為m，則有N：M=n：m。

3、去除取樣法在一個封閉的種群裡，隨著連續的捕捉，種群數量逐漸減少，同等的捕捉力量所獲取的個體數逐漸降低，逐次捕捉的累積數就逐漸增大。當單位努力的捕捉數等於零時，捕獲累積數就是種群數量的估計值。

4、直接計數法透過顯微鏡利用血球計數板進行較大單細胞微生物計數的操作方法，稱為顯微鏡直接計數法。這是一種常用的徽生物計數方法，此種方法簡便、快速、直觀。顯微鏡直接計數法是將少量待測樣品的懸浮液置於一種特別的具有確定面積和容積的載玻片上（血球計數板），在顯微鏡下直接計數，然後推算出含菌數的方法。血球計數板是常用的計菌器之一，有兩種規格：一種規格是 2mm x 2mm x 0.1mm方格，另一種規格是1mm x 1mm x 0.1mm方格。標記重組法的注意事項：1、選擇的區域必須隨機，不能有太多的主觀選擇；2、對生物的標記不能對其正常生命活動及其行為產生任何干擾；3、標記不會在短時間內損壞，也不會對此生物再次被捕捉產生任何影響；4、重捕的空間與方法必須同上次一樣；

5、標記個體與自然個體的混合所需時間需要正確估計；

6、對生物的標記不能對它的捕食者有吸引性。