準噶爾汗國多次東侵，一度佔領漠北蒙古，並深入漠南蒙古，威脅京師。後來南下佔領西藏，進而威脅四川，可以說準噶爾已經威脅到清帝國的統治，並且準噶爾後面一直有沙俄的影子，為使沙俄放棄對準噶爾的支援，清朝對沙俄不得不讓步，而且準噶爾處在沙俄和清帝國之間，俄國早在彼得大帝時期，已有統治中亞的野心，所以應該儘快消滅準噶爾。
17世紀中期，準噶爾汗國噶爾丹稱汗後，勢力漸強，佔據了天山南北，康熙二十七年（1688年）五月，首領噶爾丹領兵出科布多，東征喀爾喀三部。喀爾喀蒙古軍民紛紛潰逃。沙喇之弟策旺扎布率札薩克圖汗部、已故車臣汗之弟納木扎爾率車臣汗部舉族南遷，逃入清朝邊界。八月，察琿多爾濟與噶爾丹激戰於土拉河，察琿多爾濟大敗，也率部逃往內蒙古蘇尼特地界。準噶爾不斷侵擾喀爾喀蒙古和漠南蒙古，對清朝的統治構成威脅。
1690年六月，噶爾丹進至內蒙古克什克騰旗，逼近京師。七月，康熙帝御駕親征，八月一日，清兵與準噶爾軍在烏蘭布通之戰大敗噶爾丹。1695年五月，噶爾丹再次出征漠北，抵達克魯倫河流域。1696年初，清兵三路北上，出擊噶爾丹。五月，康熙帝進抵克魯倫河，兩軍在昭莫多大戰，準兵大敗，噶爾丹僅率數騎逃走。1697年三月，康熙帝駐蹕寧夏，清兵進抵狼居胥山，擒獲噶爾丹之子。噶爾丹勢窮服毒自盡。康熙帝三徵噶爾丹，不僅完全控制了外蒙古，而且也暫時解決了來自準噶爾汗國的威脅。
（1717年）十一月，大策零敦多布偷襲拉薩，殺死和碩特部首領拉藏汗，控制了藏內局勢，進而威脅四川。康熙五十七年（1718年）十月，康熙帝發兵入藏。兩年後（1720年），清軍將準噶爾軍逐出西藏，大策零敦多布逃回伊犁。清朝從此在西藏駐軍，並於數年後設立駐藏大臣管理西藏。
1730年，噶爾丹策零偷襲清軍的阿爾泰山大營。九年（1731年）六月，噶爾丹策零在和通泊之戰中大敗傅爾丹所部清軍。
乾隆十年（1745年），準噶爾爆發瘟疫，噶爾丹策零病死，於乾隆二十年（1755年）春發兵出征準噶爾。六月，烏什伯克霍集斯將達瓦齊誘擒後縛送清軍，準噶爾汗國滅亡。
準噶爾汗國多次東侵，一度佔領漠北蒙古，並深入漠南蒙古，威脅京師。後來南下佔領西藏，進而威脅四川，可以說準噶爾已經威脅到清帝國的統治，並且準噶爾後面一直有沙俄的影子，為使沙俄放棄對準噶爾的支援，清朝對沙俄不得不讓步，而且準噶爾處在沙俄和清帝國之間，俄國早在彼得大帝時期，已有統治中亞的野心，所以應該儘快消滅準噶爾。
17世紀中期，準噶爾汗國噶爾丹稱汗後，勢力漸強，佔據了天山南北，康熙二十七年（1688年）五月，首領噶爾丹領兵出科布多，東征喀爾喀三部。喀爾喀蒙古軍民紛紛潰逃。沙喇之弟策旺扎布率札薩克圖汗部、已故車臣汗之弟納木扎爾率車臣汗部舉族南遷，逃入清朝邊界。八月，察琿多爾濟與噶爾丹激戰於土拉河，察琿多爾濟大敗，也率部逃往內蒙古蘇尼特地界。準噶爾不斷侵擾喀爾喀蒙古和漠南蒙古，對清朝的統治構成威脅。
1690年六月，噶爾丹進至內蒙古克什克騰旗，逼近京師。七月，康熙帝御駕親征，八月一日，清兵與準噶爾軍在烏蘭布通之戰大敗噶爾丹。1695年五月，噶爾丹再次出征漠北，抵達克魯倫河流域。1696年初，清兵三路北上，出擊噶爾丹。五月，康熙帝進抵克魯倫河，兩軍在昭莫多大戰，準兵大敗，噶爾丹僅率數騎逃走。1697年三月，康熙帝駐蹕寧夏，清兵進抵狼居胥山，擒獲噶爾丹之子。噶爾丹勢窮服毒自盡。康熙帝三徵噶爾丹，不僅完全控制了外蒙古，而且也暫時解決了來自準噶爾汗國的威脅。
（1717年）十一月，大策零敦多布偷襲拉薩，殺死和碩特部首領拉藏汗，控制了藏內局勢，進而威脅四川。康熙五十七年（1718年）十月，康熙帝發兵入藏。兩年後（1720年），清軍將準噶爾軍逐出西藏，大策零敦多布逃回伊犁。清朝從此在西藏駐軍，並於數年後設立駐藏大臣管理西藏。
1730年，噶爾丹策零偷襲清軍的阿爾泰山大營。九年（1731年）六月，噶爾丹策零在和通泊之戰中大敗傅爾丹所部清軍。
乾隆十年（1745年），準噶爾爆發瘟疫，噶爾丹策零病死，於乾隆二十年（1755年）春發兵出征準噶爾。六月，烏什伯克霍集斯將達瓦齊誘擒後縛送清軍，準噶爾汗國滅亡。