簡單說，統治技術就是對社會的控制能力，從秦漢的三公九卿制到明清的內閣軍機處，皇帝的控制能力確實越來越強了，文明的發展也越來越成熟。

進步是毋庸置疑的，人類社會的進步永遠是向上的，偶爾因為外族的入侵，會出現暫時的停頓或者貌似的倒退，但是這都是偶爾性的，始終離不開歷史前進的大步伐。再看樓主所說的到宰相制的演化過程，皇權在一步步收到制約或者是約束。人類在發展中，也愈發的從獨裁製發現其的弊端。

首先要樹立這樣一個觀點，歷史演進的過程中雖然有這樣那樣的波折，但總體而言是進步的。古人也是人，也懂得推陳出新、與時俱進，站在他們的角度來看，政治制度的演變肯定是隨著專制主義文明的發展而作出適應社會的改變的。

從三公九卿到三省六部，制度的創制是一回事，具體的實行又是另一回事。三公九卿丞相制分散了君權，不如三省六部集權於皇帝好用，所以在專制主義文明高度發展的後期，淘汰原來的中央官制，採取新的治理模式，是社會的需求和統治者的智慧。就那個時代而言，無疑是一種進步。大一統的多民族國家要實現整合，高度集權的中央和半正式的基層行政缺一不可。

所以，中央官制的演變一方面是社會發展的需要，另一方面也是統治階層主動創制而來。社會發展方向總體向前，古人的智慧不容忽視，落後的東西必將被淘汰。