選用微生物肥料的基本原則我認為是因地制宜，選用與土壤環境還有農作物品種相匹配的微生物肥料。在使用微生物肥料的過程中，應該充分考慮種植情況符合相應的微生物的生理要求，以便充分發揮其作用。

選用微生物肥料時具體應該注意如下事項：

有機質是微生物肥料賴以生存的食物，在有機質高的土壤中施用微生物效果顯著，缺乏有機質的土壤單獨施用微生物肥料效果欠佳。微生物肥料應該與有機肥一同施用，或微生物肥料中的載體就含有供微生物生長的有機質，如生物有機肥。

氮素高的土壤中施用固氮菌、根瘤菌，其效果不會太明顯；含鋁、鐵、鈣高的土壤單獨施用可溶性磷肥效果不好，施用磷細菌生物有機肥，可明顯改善可溶性磷肥的使用效果；磷養分含量高、有效磷低的土壤使用磷細菌肥料，再配施一定有機肥，連續不施可溶性磷肥，也不會出現缺磷症狀；為了提高鉀肥利用率，配施一定量的生物鉀肥可大幅節約化學鉀肥施用量，並且可以明顯改善作物的品質。

隨不同作物和不同生長期選用不同的施肥方式和不同的菌肥種類。蘸、噴、灌、撒、隨播等不同的施肥方式，要選用不同劑型的微生物肥。例如拌種、噴施宜選用液體型別的微生物肥料；機器播種的宜選用造粒後的微生物肥料；條施、撒施、大棚用粉狀即可。

施用微生物肥料後遇到暴曬天氣，蒸騰作用強又缺水灌溉的田地往往效果不好。

除了說明書上特別說明，不能與殺菌劑、消毒劑等農藥共同使用。

如果是葉面噴施，應在上午9點之前和下午5點之後，噴施後如果遇到大雨淋洗，雨後應該補充施肥，而且噴施在葉面的背面比在正面效果要好。

不要與高濃度的化肥混合施用，不但浪費，效果也不是很好。凡是號稱總養分高於40%的有機、無機、生物復混肥，其中微生物菌劑肥效難以充分發揮。這種化肥雖然號稱含有有機物和微生物，實際上就是大化肥製造的。