隨著人們生活水平的提高，膳食中的加工食品比例越來越大。在中國大城市，這個比例已經超過了70％。食品加工過程中需要水、配料、各種裝置、倉庫和廠房，原料需要儲存，產品需要包裝，這些環節都有可能引入汙染。食品加工中可能產生的汙染包括：熱解產物食品加工的溫度過高時，會產生一些對人體有害的物質。例如蛋白質和油脂加熱溫度過高時，其中的成分會經過化學作用而變質，變質產生的物質可能具有毒性，或致癌，食用後對人體有害。苯並(a)芘的汙染這種化學物質主要產生於各種有機物（如煤、柴油、汽油、原油及香菸）的不完全燃燒。食品在煙燻、燒烤或烘焦等製作過程中，燃料的不完全燃燒產生的苯並(a)芘［B(a)P］直接接觸食品會造成汙染。據報道，煤煙及大氣漂塵中的B(a)P降落入土壤和水中，植物可從中吸收B(a)P造成食物的間接汙染。另外，食品在加工貯存過程中，有時也會受到含B(a)P的物質的汙染。如將牛奶在塗石蠟的容器中存放，石蠟中B(a)P可全部轉移至牛奶中。防止B(a)P汙染主要措施是在食品加工過程中油溫不要超過170℃，可選用電爐和間接熱烘燻食品，不要使食品與炭火直接接觸。亞硝胺的汙染N-亞硝基化合物有很多種，不同種類的N-亞硝基化合物在毒性上相差很大，其急性毒性主要是造成肝臟的損害；慢性毒性主要為致癌性。醃製菜時使用的粗製鹽中含有硝酸鹽，可被細菌還原成亞硝酸鹽，同時蛋白質可分解為各種胺類，而合成亞硝胺；使用食品新增劑亞硝酸鹽或硝酸鹽直接加入魚、肉中作為髮色劑時，在適當條件下，也可形成亞硝胺。防止亞硝胺對食品汙染的主要措施是改進食品加工方法。如不燃料木材熏製，在加工醃製肉或魚類食品時，最好不用或少用硝酸鹽。中國規定了香腸、火腿、臘肉、燻肉等肉製品(GB9677-88)和啤酒(GB2758-81)中的N-亞硝胺均不得超過3μg/kg。鉛、砷等有害物質的汙染在加工金屬機械、容器時會導致所含金屬毒物的遷移，使用不符合衛生要求的包裝材料也會使有害物質溶出和遷移。此外，使用食品新增劑、不合理使用化學清洗劑也會造成鉛、砷等有害金屬對食物的汙染。微生物、病毒等生物性汙染生熟不分，不潔的容器，從業人員不潔的手，空氣中塵埃，未經消毒或消毒不徹底的裝置，未消毒或未徹底消毒的包裝材料等都會在食品加工中造成微生物、病毒等生物性汙染。