由細菌引起的爛尾、爛鰭症傳染性極高，從鰭條開始，繼而身體腐爛至死。這種爛鰭症有兩種病徵，第一種由鰭邊開始腐爛，再向內伸展，第二種由鰭中央部分開始，向四面八方蔓延。患處變白色，最後脫落。金魚運送或產卵後身體抵抗力會減弱，此時最易感染此疾病。病魚一經發現，必須立即隔離，施以抗生素或叮啶黃等藥劑來治療病魚。爛鰭症的病徵出現較慢時，治療法是更換部分缸水，清洗過濾器和新增少許食鹽入缸內，並停止餵食數天。食鹽療法的作用是增加水的比重，改變水中的滲透壓，透過滲透作用的變化來殺死細菌和其他的病原體。也可直接使用市售的Sera治細菌治生蟲劑、美利堅滅菌靈、女王鯨專治金魚疾病劑、女王鯨治細菌劑及AZ00治細菌劑來治療；白點病由原生動物所引起，病原體名為白點蟲，它會深入面板的細胞，進行無性繁殖，形成白色的小點狀胞囊。患有此病的金魚全身滿布白點，每個白點胞囊內含有許多幼小白點蟲，白點蟲吸取魚體組織的營養而長大並增加數目，後來破囊而出，游到水中，再返回魚體上侵襲面板，形成更多的小白點。在患病初期，病魚會用身體磨擦硬物，希望藉此清除身上討厭的病原體，若不立刻治療，病魚身體會迅速受嚴重破壞而死亡。當白點蟲侵入魚體後，藥物治療不能奏效，只有當小白點蟲在魚體繁殖後，新個體游到水中，藥劑才能殺死它們。治療法為使用百分之0.01濃度的孔雀綠溶液，把病魚浸泡多天，直至小白點完全消失，孔雀綠溶液的毒性很強，不可使用過量，否則金魚亦會被毒死，或使用市售的Sera治白點劑、美利堅立滅白點、女王鯨治白點劑、AZ00治外寄生蟲劑治療。水黴病（Saprolegniasis）常感染體表受傷組織及死卵，形成灰白色如棉絮狀的覆蓋物，又稱覆棉病或水棉病。又稱膚黴病或白毛病，是水生魚類的真菌病之一，引起這種病的病原體已經發現有十多種，其中最常見的是水黴和綿黴。該病是由真菌寄生魚體表引起，主要是真菌門藻狀菌綱水黴目水黴科的水黴屬和綿黴屬。水黴病的發生主要因為緊迫造成的二次性感染，魚只因擁擠、移動或其他不良環境因素的影響，造成體表組織受傷，水中的水黴病遊孢子即伺機附著，於壞死組織上開始發芽形成菌絲，菌絲除寄生於壞死組織外，尚可漫延侵入附近的正常組織，分泌消化酵素分解周圍組織，更而貫穿真皮深入肌肉，使面板與肌肉壞死崩解。 表層的菌絲則向外延伸，形成如棉絮狀的覆蓋物，並於末端形成孢子囊，放出遊孢子到水中，經由水而傳播各處