第一任：孫家鼐，任職時間：1898年7月—1899年7月

第二任：許景澄，任職時間：1899年7月—1900年7月

第三任：張百熙，任職時間：1902年1月—1904年2月

第四任：張亨嘉，任職時間：1904年2月—1906年2月

第五任：李家駒，任職時間：1906年2月—1907年7月

第六任：朱益藩 ， 任職時間： 1907年7月—1907年12月

第七任：劉廷琛 ，任職時間：1907年12月—1910年9月

第八任：柯劭愍 ，任職時間：1910年9月—1911年11月

第九任：勞乃宣，任職時間：1911年11月—1912年2月

第十任：嚴 復，任職時間：1912年5月—1912年10月

第十一任：何燏時，任職時間：1912年12月—1913年11月

第十二任：胡仁源，任職時間：1914年1月—1916年12月

第十三任：蔡元培，任職時間：1916年12月—1927年8月

第十四任：蔣夢麟，任職時間：1930年12月—1945年9月

第十五任：胡 適，任職時間：1945年9月—1948年12月

第十六任：湯用彤，任職時間：1951年6月—1951年6月

第十七任：馬寅初，任職時間：1951年6月—1960年3月

第十八任：陸 平，任職時間：1960年3月—1966年6月

第十九任：周培源，任職時間：1978年7月—1981年3月

第二十任：張龍翔，任職時間：1981年5月—1984年3月

第二十一任：丁石孫，任職時間：1984年3月—1989年8月

第二十二任：吳樹青，任職時間：1989年8月—1996年8月

第二十三任：陳佳洱，任職時間：1996年8月—1999年11月

第二十四任：許智宏，任職時間：1999年11月—2008年11月

第二十五任：周其鳳，任職時間：2008年11月—2013年3月

第二十六任：王恩哥，任職時間：2013年3月—2015年2月

第二十七任：林建華，任職時間：2015年2月— 現在。