班公湖湖面海拔高度4240米，全湖水面面積為604平方公里，其中中國境內有413平方公里，克什米爾境內191平方公里。它的東西狹長約為150公里，100公里在中國境內,50公里在印佔克什米爾境內。最大水深為41米，平均水深5米，礦化度2.16克/升，南北平均寬度僅為4公里，是一條典型的河道型湖泊。班公湖狹長的湖體造就了獨特的景觀效果。匯入班公湖的兩條最大支流麻嘎藏布和多瑪曲都位於湖體的東段，淡水來源充分，補給量大於蒸發量，湖水的含鹽量維持在0．75克/升以內，使湖體東段為淡水湖；而中段和西段淡水補給量銳減，加以中段湖體最窄處只有100-150米寬，湖水在東西方向上的交替不暢，東部淡水很難持續向西補充，使西部湖水蒸發量大於補給量，湖水的含鹽量從中部向西部增加至近20克/升，變成鹹水湖。

湖中有十多個大小不等的島嶼，島上約有各種鳥類20多種，數量最多時可達數萬只，主要的鳥類有斑頭雁、棕頭鷗、魚鷗、鳳頭鴨、赤麻鴨等，其中屬斑頭雁和棕頭鷗數量最多。

班公湖還是一個魚類世界。湖中有大量水生植物為魚類提供良好的棲息場所。魚類品種有10餘種之多。有西藏弓魚、高原裸裂究魚、長體裸體鯉魚、裂腹魚、細尾高原鰍等。其中尤以鯉科的裂腹魚、亞科的魚類為最多。湖中有西藏特有的裂腹魚、裸裂尻魚等，尤以不生鱗片著名。