滅菌常用的方法有化學試劑滅菌、射線滅菌、乾熱滅菌、溼熱滅菌和過濾除菌等。可根據不同的需求，採用不同的方法，如培養基滅菌一般採用溼熱滅菌，空氣則採用過濾除菌。
熱滅菌法
熱滅菌法利用高溫使微生物細胞內的一切蛋白質變性，酶活性消失，致使細胞死亡。通常有乾熱、溼熱和間歇加熱滅菌等法。
乾熱滅菌
直接利用火焰將微生物燒死（如燒接種環、載玻片和試管口等）。不能用火焰滅菌的物品則利用熱空氣滅菌,將物品放在烘箱中加熱到160～170℃,持續90分鐘，此法適用於玻璃、金屬和木質的器皿。
溼熱滅菌
以沸水、蒸氣和蒸氣加壓滅菌。巴氏滅菌法就是溼熱滅菌，此法有兩種方式，①低溫長時間處理：在61.7～62.8℃下處理30分鐘；②高溫短時間處理：在71.6℃或略高溫度下處理15分鐘。在上述諸法中，以蒸氣加壓滅菌效果最好，可用常壓蒸氣滅菌，也可在高壓蒸氣鍋中（一般使用1千克/釐米2）滅菌,其蒸氣溫度可達121℃,能將耐熱的芽孢在30分鐘內全部殺死。但對某些易被高壓破壞的物質，如某些糖或有機含氮化合物，宜在0.6千克/釐米2壓力下(110℃)滅菌15～30分鐘。
間歇滅菌
間歇滅菌連續3天,每天進行一次蒸氣滅菌的方法。此法適用於不能耐 100℃以上溫度的物質和一些糖類或蛋白質類物質。一般是在正常大氣壓下用蒸氣滅菌 1小時。滅菌溫度不超過100℃,不致造成糖類等物質的破壞，而可將間歇培養期間萌發的孢子殺死，從而達到徹底滅菌的目的。
輻射滅菌
輻射滅菌在一定條件下利用射線進行滅菌的方法。較常用的有紫外線，其他還有電離輻射（射線加快中子等）。波長在25000～80000奈米之間的鐳射也有強烈的殺菌能力,以波長26500奈米最有效。輻射滅菌法僅限於某一定材料，因所需裝置複雜，難於廣泛使用。
滲透壓滅菌
滲透壓滅菌利用高滲透壓溶液進行滅菌的方法。在高濃度的食鹽或糖溶液中細胞因脫水而發生質壁分離，不能進行正常的新陳代謝，結果導致微生物的死亡。
滅菌
大多數化學藥劑在低濃度下起抑菌作用,高濃度下起殺菌作用。常用5%石炭酸、70%乙醇和乙二醇等。化學滅菌劑必須有揮發性，以便清除滅菌後材料上殘餘的藥物。
滅菌常用的方法有化學試劑滅菌、射線滅菌、乾熱滅菌、溼熱滅菌和過濾除菌等。可根據不同的需求，採用不同的方法，如培養基滅菌一般採用溼熱滅菌，空氣則採用過濾除菌。
熱滅菌法
熱滅菌法利用高溫使微生物細胞內的一切蛋白質變性，酶活性消失，致使細胞死亡。通常有乾熱、溼熱和間歇加熱滅菌等法。
乾熱滅菌
直接利用火焰將微生物燒死（如燒接種環、載玻片和試管口等）。不能用火焰滅菌的物品則利用熱空氣滅菌,將物品放在烘箱中加熱到160～170℃,持續90分鐘，此法適用於玻璃、金屬和木質的器皿。
溼熱滅菌
以沸水、蒸氣和蒸氣加壓滅菌。巴氏滅菌法就是溼熱滅菌，此法有兩種方式，①低溫長時間處理：在61.7～62.8℃下處理30分鐘；②高溫短時間處理：在71.6℃或略高溫度下處理15分鐘。在上述諸法中，以蒸氣加壓滅菌效果最好，可用常壓蒸氣滅菌，也可在高壓蒸氣鍋中（一般使用1千克/釐米2）滅菌,其蒸氣溫度可達121℃,能將耐熱的芽孢在30分鐘內全部殺死。但對某些易被高壓破壞的物質，如某些糖或有機含氮化合物，宜在0.6千克/釐米2壓力下(110℃)滅菌15～30分鐘。
間歇滅菌
間歇滅菌連續3天,每天進行一次蒸氣滅菌的方法。此法適用於不能耐 100℃以上溫度的物質和一些糖類或蛋白質類物質。一般是在正常大氣壓下用蒸氣滅菌 1小時。滅菌溫度不超過100℃,不致造成糖類等物質的破壞，而可將間歇培養期間萌發的孢子殺死，從而達到徹底滅菌的目的。
輻射滅菌
輻射滅菌在一定條件下利用射線進行滅菌的方法。較常用的有紫外線，其他還有電離輻射（射線加快中子等）。波長在25000～80000奈米之間的鐳射也有強烈的殺菌能力,以波長26500奈米最有效。輻射滅菌法僅限於某一定材料，因所需裝置複雜，難於廣泛使用。
滲透壓滅菌
滲透壓滅菌利用高滲透壓溶液進行滅菌的方法。在高濃度的食鹽或糖溶液中細胞因脫水而發生質壁分離，不能進行正常的新陳代謝，結果導致微生物的死亡。
滅菌
大多數化學藥劑在低濃度下起抑菌作用,高濃度下起殺菌作用。常用5%石炭酸、70%乙醇和乙二醇等。化學滅菌劑必須有揮發性，以便清除滅菌後材料上殘餘的藥物。