尼爾斯是個調皮搗蛋的男孩，由於沒有對小狐仙兌現諾言而變成了只有拇指般大小的小人兒。為了找到小狐仙講和，變會原形，尼爾斯來到牛棚，尋求家禽們的幫助，但遭到了動物們的嘲笑，在此期間，他還跟貓進行了一次決鬥，但最終失敗。

一群大雁飛過，尼爾斯家的雄鵝也想嘗試飛翔，關鍵時刻為了保護自家的雄鵝，不讓父母傷心，尼爾斯抱住了雄鵝，被帶上了空中，開始了此次旅行。

起初，群雁的頭領很反感尼爾斯，不願帶他飛行，但尼爾斯從狐狸斯密爾的口中救出了一隻大雁，頭雁受感動，決定帶著他橫穿瑞典飛往他們要去的地方。

在旅行中，尼爾斯加入了保護黑老鼠大樓的行動中，吹奏一支形狀像菸斗的小口哨，讓灰鼠們最終離大谷倉愈來愈遠。

來到庫拉山，參加每年在這裡舉行的遊藝大會。見識了動物們的表演，其中，企圖破壞表演大會的狐狸斯密爾也受到了懲罰。

狐狸斯密爾為了報仇，在大會結束後仍然追蹤大雁們，並來傷害他們，但由於尼爾斯的幫助都無疾而終。

在一家農舍裡，尼爾斯滿足了母牛的願望，隨後，尼爾斯繼續跟隨大雁旅行，並在島上幫助羊群趕走了狐狸，在地獄洞裡保護了雄鵝，救了放鵝姑娘奧薩......

在與雁群生活了多日之後，尼爾斯與大雁建立的深厚的情感，也明白了很多做人的道理。

後來，尼爾斯回到了家裡，雄鵝帶領幾隻大雁回家時被父母抓住，挽救雄鵝的那一刻，尼爾斯突然變回了人並不再聽得懂動物的語言，他最終和大雁阿卡及雁群分別。