哈利在德思禮一家的生活在瑪姬姨媽來做客的那時起變得尤為恐怖，儘管哈利知道未成年的巫師不能在霍格沃茨魔法學校之外使用魔法，但是瑪姬對哈利父母無情的諷刺和侮辱使他無意識地使用了魔法——他令瑪姬被吹脹起來，瑪姬飄到了空中。

哈利跑出了德思禮家，並搭乘騎士公共汽車去倫敦，路上，他聽說到關於一個叫做小天狼星·布萊克的罪犯巫師，據說曾經用一道咒語殺死了十三個人，逃出了阿茲卡班監獄。哈利發現他使用魔法並沒有被魔法部懲罰。

很快，哈利就知道為什麼了——小天狼星布萊克正在尋找他，魔法部更關心哈利的安全，而不關心他是否對姨媽使用了魔法。魔法界現在正陷在恐慌中，魔法部部長通知了“麻瓜”（沒有魔法的人）英國首相布萊克越獄的事情。霍格沃茨已經被攝魂怪保護起來。隨著時間的推移，哈利發現布萊克和已經被伏地魔的自己父母有著某種關係。

故事在哈利發現小天狼星布萊克根本沒有犯罪、阿茲卡班監獄關錯了人之時發生轉折。真正的罪犯（用一句咒語殺死十三個人的人）是小矮星彼得。彼得將哈利父母的住址告訴了伏地魔造成了他們的死亡。

彼得是一個阿尼馬格斯，可以根據意願隨便變成動物，他其實一直作為羅恩的寵物老鼠斑斑生活著。

魔法部不相信哈利的話，從而依然認為小天狼星有罪，但羅恩·韋斯萊、赫敏·格蘭傑、阿不思·鄧布利多都相信哈利，最後他們幫助小天狼星逃之夭夭了。